Knitr
La librairie knitr appartient au logiciel R et sert d'intermédiaire entre un document LaTeX et du code R. Grâce à cette librairie, il est possible d'écrire des fichiers qui contiennent à la fois du code LaTeX et du code R. Un tel fichier générera automatiquement un document avec ses résultats, ses tableaux, ses graphiques, etc. pour produire un document. Il s'agit d'un exemple de programmation lettrée.
Knitr est une librairie offrant plus de fonctionnalités que la fonction Sweave de R.
Fonctionnement
L'idée est d'écrire un document LaTeX ordinaire, mais au lieu d'inclure des tableaux ou des graphiques préalablement générés, on écrit directement le code R qui les génère. De cette façon, les documents sont dynamiques et s'adaptent directement si l'on change les échantillons ou l'analyse. Un des avantages d'utiliser knitr est bien évidemment d'éviter d'avoir à retaper un document LaTeX en cas de changements ou d'erreur dans le code produisant l'analyse. Mais aussi, cela facilite la reproduction des résultats par d'autres utilisateurs.
Évidemment, une syntaxe particulière est requise pour la rédaction du document et il faut exécuter le document source au moins deux fois : une fois avec R suivi d'au moins une fois avec LaTeX. Un manuel d'utilisation explique en détail la syntaxe qu'il faut utiliser, mais voici brièvement quelques indications :
- Le document est construit en fragment qui sont compopsés de texte ou de code.
- Les fragments de texte commencent par un
@suivis d'un saut de ligne. Par défaut, le prermier fragment est toujours un fragment de texte. - Les fragments de code commencent par
<<paramètres>>=suivis d'un saut de ligne. Les paramètres déterminent les options d'affichage. - Le fichier source porte généralement l'extension .Rnw.
Une fois que le fichier source est écrit, il suffit d'appeler la fonction knit de la librairie avec le nom du fichier en argument.
Installation
La librairie knitr ne fait pas partie des librairies installées au Département. Par contre, il est possible de l'installer sur son propre compte DMS. Pour ce faire, il suffit d'entrer la commande suivantes dans le logiciel R.
install.packages('knitr', dep=T)
Le logiciel affirmera qu'il ne possède pas les droits d'écriture dans le fichier central et vous demandera si vous désirez installer une version locale. Il faut alors répondre oui et suivre les autres indications.
Exemple
Par exemple,
knit("fichier.Rnw")
Ceci créera un fichier .tex du même nom. Il suffira finalement de compiler ce dernier fichier à l'aide de LaTeX de la façon habituelle.
Voir aussi
Articles connexes
Références
- Site officiel
- Knitr sur Wikipédia
- Knitr sur GitHub
- Le manuel d'instruction