Knitr
La librairie knitr appartient au logiciel R et sert d'intermédiaire entre un document LaTeX et du code R. Grâce à cette librairie, il est possible d'écrire des fichiers contenant les deux langages. Un tel fichier générera automatiquement un document avec ses résultats, ses tableaux, ses graphiques, etc. Cette libraire offre un environnement de programmation lettrée.
Knitr offre plus de fonctionnalités que la fonction Sweave de R.
Installation
La librairie knitr ne fait pas partie des librairies installées au Département. Par contre, il est possible de l'installer sur son propre compte DMS. Pour ce faire, il suffit d'entrer la commande suivantes dans le logiciel R.
install.packages('knitr', dep=T)
Le logiciel affirmera qu'il ne possède pas les droits d'écriture dans le fichier central de R et vous demandera si vous désirez installer une version locale. Il faut alors répondre oui et suivre les indications pour terminer l'installation.
Fonctionnement
L'idée est d'écrire un document LaTeX ordinaire, mais au lieu d'inclure des tableaux ou des graphiques préalablement générés, on écrit directement le code R qui les génère. De cette façon, les documents sont dynamiques et s'adaptent directement si l'on change les échantillons ou l'analyse.
Un des avantages d'utiliser knitr est bien évidemment d'éviter d'avoir à retaper un document LaTeX en cas de changements ou d'erreur dans le code produisant l'analyse. Mais aussi, cela facilite la reproduction des résultats par d'autres utilisateurs. C'est donc un bon avantage pour les publications scientifiques.
Évidemment, une syntaxe particulière est requise pour la rédaction du document et il faut exécuter le document source au moins deux fois : une fois avec R suivi d'au moins une fois avec LaTeX. Un manuel d'utilisation explique en détail la syntaxe qu'il faut utiliser, mais voici brièvement quelques indications :
- Le document est construit en fragments qui sont composés de texte ou de code.
- Les fragments de texte commencent par un
@suivi d'un saut de ligne. Par défaut, le prermier fragment est toujours un fragment de texte. - Les fragments de code commencent par
<<paramètres>>=suivi d'un saut de ligne. Les paramètres déterminent les options d'affichage. - Le fichier source porte généralement l'extension .Rnw.
Une liste d'exemples est disponible en ligne. Pour compiler un exemple, il faut d'abord avoir installé la librairie sur son compte. Dans une session de R, il faut ensuite importer la libraire puis appeler la fonction knit avec le fichier en argument :
require(knitr)
knit("fichier.Rnw")
Cette dernière ligne produira un fichier .tex qu'il suffira de compiler à l'aide de LaTeX selon la procédure habituelle.
Voir aussi
Articles connexes
Références
- Site officiel
- Knitr sur Wikipédia
- Knitr sur GitHub
- Le manuel d'instruction