Différences entre les versions de « Knitr »
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<!--La librairie '''knitr''' appartient au logiciel [[R]] et sert d'intermédiaire entre un document [[LaTeX]] et du code R. Grâce à cette librairie, il est possible d'écrire des fichiers contenant les deux langages. Un tel fichier générera automatiquement un document avec ses résultats, ses tableaux, ses graphiques, etc.--> | <!--La librairie '''knitr''' appartient au logiciel [[R]] et sert d'intermédiaire entre un document [[LaTeX]] et du code R. Grâce à cette librairie, il est possible d'écrire des fichiers contenant les deux langages. Un tel fichier générera automatiquement un document avec ses résultats, ses tableaux, ses graphiques, etc.--> | ||
| − | Knitr offre plus de fonctionnalités que la fonction [http://www.stat.uni-muenchen.de/~leisch/Sweave/ Sweave] de R | + | Knitr offre plus de fonctionnalités que la fonction [http://www.stat.uni-muenchen.de/~leisch/Sweave/ Sweave] de R en proposant un environnement de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Programmation_lettr%C3%A9e programmation lettrée]. |
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| − | == Installation == | + | <!--== Installation == |
La librairie knitr ne fait pas partie des librairies installées au Département. Par contre, il est possible de l'installer sur son propre compte DMS. Pour ce faire, il suffit d'entrer la commande suivantes dans le logiciel [[R]]. | La librairie knitr ne fait pas partie des librairies installées au Département. Par contre, il est possible de l'installer sur son propre compte DMS. Pour ce faire, il suffit d'entrer la commande suivantes dans le logiciel [[R]]. | ||
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| − | Le logiciel affirmera qu'il ne possède pas les droits d'écriture dans le fichier central de R et vous demandera si vous désirez installer une version locale. Il faut alors répondre oui et suivre les indications pour terminer l'installation. | + | Le logiciel affirmera qu'il ne possède pas les droits d'écriture dans le fichier central de R et vous demandera si vous désirez installer une version locale. Il faut alors répondre oui et suivre les indications pour terminer l'installation.--> |
== Fonctionnement == | == Fonctionnement == | ||
Version du 10 octobre 2013 à 09:25
Knitr est une extension (package en anglais) du logiciel R qui permet l'inclusion de code R dans plusieurs types de documents, en particulier dans les documents LaTeX. Ainsi, les résultats obtenus grâce à R, comme les tableaux et les graphiques, apparaîtront tels quels dans le fichier .tex compilé.
Knitr offre plus de fonctionnalités que la fonction Sweave de R en proposant un environnement de programmation lettrée.
Fonctionnement
L'idée est d'écrire un document LaTeX ordinaire, mais au lieu d'inclure des tableaux ou des graphiques préalablement générés, on écrit directement le code R qui les génère. De cette façon, les documents sont dynamiques et s'adaptent automatiquement si l'on change les échantillons ou l'analyse.
Un des avantages d'utiliser knitr est bien évidemment d'éviter d'avoir à retaper un document LaTeX en cas de changements ou d'erreur. Mais aussi, cela facilite la reproduction des résultats par d'autres utilisateurs. C'est donc un bon outil pour les publications scientifiques.
Évidemment, une syntaxe particulière est requise pour la rédaction du document et il faut exécuter le document source au moins deux fois : une fois avec R suivi d'au moins une fois avec LaTeX. Un manuel d'utilisation explique en détail la syntaxe qu'il faut utiliser, mais voici brièvement quelques indications :
- Le document est construit en fragments qui sont composés de texte ou bien de code.
- Les fragments de texte commencent par un
@suivi d'un saut de ligne. Par défaut, le prermier fragment est toujours un fragment de texte. - Les fragments de code commencent par
<<paramètres>>=suivi d'un saut de ligne. Les paramètres déterminent les options d'affichage. - Le fichier source porte généralement l'extension .Rnw.
Une liste d'exemples est disponible en ligne. Pour compiler un exemple, il faut d'abord avoir installé la librairie sur son compte. Dans une session de R, il faut ensuite importer la libraire puis d'appeler la fonction knit avec le fichier en argument :
require(knitr)
knit("fichier.Rnw")
Cette dernière ligne produira un fichier .tex qu'il suffira de compiler à l'aide de LaTeX selon la procédure habituelle.