DMS - Contributions [fr]

NoMachine NX

2017-03-30T18:50:49Z

Fardel : /* Remarque importante */

[[Catégorie:Logiciels]]

[[Image:Logo-NoMachineII.png|thumb]]

'''NoMachine''' est un logiciel qui permet d'accéder à distance à d'autres ordinateurs. En quelques clics, vous pourrez prendre le contrôle de l'un des appareils du DMS et l'opérer comme si vous étiez devant. À la différence de [[PuTTY|PuTTY]], NoMachine fournit d'emblée une interface graphique à l'utilisateur.

__TOC__

== Guide ==

=== Remarque importante ===

[[File:Attention.png|30px]] Veuillez noter que le nombre de connexions simultanées à partir de NoMachine est limité. Afin que tout le monde puisse profiter de ce service, nous vous demandons de bien vouloir vous déconnecter (logout depuis votre session) dès lors que vous n'avez plus besoin d'utiliser l'interface.

Merci pour votre compréhension.

=== Installation ===

Le logiciel est disponible gratuitement [https://www.nomachine.com/download en ligne] pour votre système d'exploitation. Pour l'installer, il suffit de suivre les indications du fichier téléchargé.

=== Démarrer une session ===

Une session permet d'entrer toutes les informations nécessaires au logiciel pour se connecter au serveur du Département. Cette étape n'a besoin d'être faite qu'une seule fois.

{|class="wikitable"
|- valign="top"
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.0_Bienvenue_dans_NoMachine.PNG|center|300px]] 1. Continuer
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.1_Connexions_recentes.PNG|center|300px]] 2. Nouveau
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.2.0_Nouvelle_connexion.PNG|center|300px]] 3. Protocole SSH
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.2.1_Nouvelle_connexion.PNG|center|300px]] 4. Entrez les informations suivantes :
* ''Hôte'': ssh.dms.umontreal.ca
* ''Port'': 22
|- valign="top"
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.2.2_Nouvelle_connexion.PNG|center|300px]] 5. Continuer
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.2.3_Nouvelle_connexion.PNG|center|300px]] 6. Continuer
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.2.4_Nouvelle_connexion.PNG|center|300px]] 7. Continuer
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.2.5_Nouvelle_connexion.PNG|center|300px]] 8. Nommer la connexion et appuyer sur Terminé.
|}

=== Démarrer un bureau virtuel ===

Le bureau virtuel agira comme une fenêtre vers l'environnement informatique du Département. Tout ce que vous ferez dans cette fenêtre s'exécutera sur le serveur du Département.

{|class="wikitable"
|- valign="top"
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.3_Connexions_recentes.PNG|center|300px]] 1. Connecter
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.1_Connexion.PNG|center|300px]] 2. Répondez "Oui" si ce message apparaît.
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.2_Connexion.PNG|center|300px]] 3. Nom d'utilisateur et mot de passe du DMS.
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.3_Connexion.PNG|center|300px]] 4. Faites :
* Créer un nouveau bureau virtuel
* Cocher "Sauvegarder cette configuration dans le fichier de connexion"
|}

'''Note''' : Cette session s'exécute sur un serveur qui est partagé avec les autres utilisateurs. Si vous avez besoin de faire des simulations ou de faire des calculs, veuillez le faire en vous connectant à une autre machine à l'aide de la commande [[Simulations|simulations]]. Par exemple, pour lancer [[Mathematica]] sur l'ordinateur [[labostat|Vancouver]], il suffit de taper dans un terminal :

<pre>
ssh -X vancouver
mathematica
</pre>

== Voir aussi ==

=== Articles connexes ===
* [[logiciels|Logiciels au DMS]]
* [[FileZilla|FileZilla]]
* [[psftp|psftp]]
* [[pscp|pscp]]
* [[PuTTY|PuTTY]]
* [[Xming|Xming]]

=== Références externes ===
* [http://www.nomachine.com/ Site officiel de NoMachine NX]

SAS

2017-03-27T19:34:13Z

Fardel : /* Kate */

[[Catégorie:Logiciels]]

[[Image:SAS_Logo.png|thumb]]

Le langage de commande de '''SAS''', pour ''Statistical Analysis System'', est un langage de programmation de quatrième génération édité par le SAS Institute. Il existe depuis plus de trente ans.

Depuis 2004, SAS en est à la version 9, ce qui correspond à une évolution majeure dans le logiciel car il intègre une nouvelle brique conceptuelle destinée à s'implanter dans le monde des logiciels d’informatique décisionnelle (en anglais : ''Business Intelligence'').

__TOC__

== Guide ==

=== Démarrage ===

Le logiciel SAS est disponible en deux versions, Linux et Windows, au Département.

==== Linux ====

Pour démarrer le logiciel SAS sous Linux, entrez
<pre>
sas
</pre>
depuis un terminal de commandes.

===== Kate =====
Si vous ne souhaitez pas utiliser l'interface SAS sous linux, vous pouvez [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/kateSAS/sasLinux.pdf configurer facilement l'éditeur Kate] (disponible sur les machines du département). Après configuration de l'éditeur, vous aurez la possibilité d'écrire, de sauvegarder et d'exécuter votre code à partir d'une même fenêtre. De plus, dans la partie inférieure de l'éditeur, vous aurez la possibilité d'observer les résultats de votre exécution.

Notez toutefois que vous ne pourrez pas exécuter votre code pas-à-pas, à chaque exécution tout le script sera exécuté et les fichiers de résultats recréés.

Si vous utilisez Linux sur votre ordinateur personnel, vous pouvez appliquer ces configurations sur votre machine. Téléchargez ce [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/kateSAS/configurationKatePourSAS.tar.gz fichier] et suivez les instructions.

==== Windows ====

Pour démarrer SAS sous Windows sur un ordinateur du Département, vous devez procéder en deux étapes : démarrer (une émulation de) Windows et ensuite démarrer SAS. Pour démarrer Windows, entrez la commande
<pre>
windows
</pre>
depuis une fenêtre de terminal. Veuillez noter que Windows n'est disponible que sur les machines de [[labodms|labodms]] et [[labostat|labostat]].

[[Image:DemarreSAS.png|500 px]]

Une fois que Windows est lancé, cliquez sur [[Image:MenuDémarrer.png]], ''Tous les programmes'', ''SAS'', puis sur le lien corrrespondant à votre préférence de langue, afin de démarrer SAS.

=== Utilisation de SAS ===

Voici un lien vers un [[Guide_SAS|guide SAS]]. Pour savoir comment utiliser le ''output delivery system'' (ODS) de SAS, consultez le fichier [[Fichier:Sas_ods.pdf]] d'une présentation sur le sujet.

Pour produire des graphiques de qualité avec SAS, utilisez le module [[Module SAS/GRAPH|SAS/GRAPH]].

=== Installation de SAS sur un ordinateur personnel ===

Pour savoir comment installer SAS sur votre ordinateur personnel, rendez-vous à la [[Installation_de_SAS|page d'installation]].

== Voir aussi ==

=== Articles connexes ===
* [[logiciels|Logiciels au DMS]]
* [[Installation_de_SAS|Page d'installation de SAS]]
* [[Import_et_export_des_données|Importation / exportation de données avec SAS, SPSS et S-PLUS]]
* [[Module SAS/GRAPH|Module SAS/GRAPH]]
* [[r|R]]
* [[S-PLUS|S-PLUS]]
* [[SPSS|SPSS]]
* [[stata|Stata]]

=== Références externes ===
* [http://support.sas.com/rnd/app/da/stat.html Site officiel de SAS]
* [http://fr.wikipedia.org/wiki/SAS_%28langage%29 SAS sur Wikipédia]
* [http://sas.developpez.com/cours/ Tutoriels SAS]

SAS

2017-03-27T19:29:55Z

Fardel : /* Guide */

[[Catégorie:Logiciels]]

[[Image:SAS_Logo.png|thumb]]

Le langage de commande de '''SAS''', pour ''Statistical Analysis System'', est un langage de programmation de quatrième génération édité par le SAS Institute. Il existe depuis plus de trente ans.

Depuis 2004, SAS en est à la version 9, ce qui correspond à une évolution majeure dans le logiciel car il intègre une nouvelle brique conceptuelle destinée à s'implanter dans le monde des logiciels d’informatique décisionnelle (en anglais : ''Business Intelligence'').

__TOC__

== Guide ==

=== Démarrage ===

Le logiciel SAS est disponible en deux versions, Linux et Windows, au Département.

==== Linux ====

Pour démarrer le logiciel SAS sous Linux, entrez
<pre>
sas
</pre>
depuis un terminal de commandes.

===== Kate =====
Si vous ne souhaitez pas utiliser l'interface SAS sous linux, vous pouvez [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/sasLinux.pdf configurer facilement l'éditeur Kate] (disponible sur les machines du département). Après configuration de l'éditeur, vous aurez la possibilité d'écrire, de sauvegarder et d'exécuter votre code à partir d'une même fenêtre. De plus, dans la partie inférieure de l'éditeur, vous aurez la possibilité d'observer les résultats de votre exécution.

Notez toutefois que vous ne pourrez pas exécuter votre code pas-à-pas, à chaque exécution tout le script sera exécuté et les fichiers de résultats recréés.

Si vous utilisez Linux sur votre ordinateur personnel, vous pouvez appliquer ces configurations sur votre machine. Téléchargez ce [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/configurationKatePourSAS.tar.gz fichier] et suivez les instructions.

==== Windows ====

Pour démarrer SAS sous Windows sur un ordinateur du Département, vous devez procéder en deux étapes : démarrer (une émulation de) Windows et ensuite démarrer SAS. Pour démarrer Windows, entrez la commande
<pre>
windows
</pre>
depuis une fenêtre de terminal. Veuillez noter que Windows n'est disponible que sur les machines de [[labodms|labodms]] et [[labostat|labostat]].

[[Image:DemarreSAS.png|500 px]]

Une fois que Windows est lancé, cliquez sur [[Image:MenuDémarrer.png]], ''Tous les programmes'', ''SAS'', puis sur le lien corrrespondant à votre préférence de langue, afin de démarrer SAS.

=== Utilisation de SAS ===

Voici un lien vers un [[Guide_SAS|guide SAS]]. Pour savoir comment utiliser le ''output delivery system'' (ODS) de SAS, consultez le fichier [[Fichier:Sas_ods.pdf]] d'une présentation sur le sujet.

Pour produire des graphiques de qualité avec SAS, utilisez le module [[Module SAS/GRAPH|SAS/GRAPH]].

=== Installation de SAS sur un ordinateur personnel ===

Pour savoir comment installer SAS sur votre ordinateur personnel, rendez-vous à la [[Installation_de_SAS|page d'installation]].

== Voir aussi ==

=== Articles connexes ===
* [[logiciels|Logiciels au DMS]]
* [[Installation_de_SAS|Page d'installation de SAS]]
* [[Import_et_export_des_données|Importation / exportation de données avec SAS, SPSS et S-PLUS]]
* [[Module SAS/GRAPH|Module SAS/GRAPH]]
* [[r|R]]
* [[S-PLUS|S-PLUS]]
* [[SPSS|SPSS]]
* [[stata|Stata]]

=== Références externes ===
* [http://support.sas.com/rnd/app/da/stat.html Site officiel de SAS]
* [http://fr.wikipedia.org/wiki/SAS_%28langage%29 SAS sur Wikipédia]
* [http://sas.developpez.com/cours/ Tutoriels SAS]

NoMachine NX

2017-03-21T18:22:48Z

Fardel : /* Guide */

[[Catégorie:Logiciels]]

[[Image:Logo-NoMachineII.png|thumb]]

'''NoMachine''' est un logiciel qui permet d'accéder à distance à d'autres ordinateurs. En quelques clics, vous pourrez prendre le contrôle de l'un des appareils du DMS et l'opérer comme si vous étiez devant. À la différence de [[PuTTY|PuTTY]], NoMachine fournit d'emblée une interface graphique à l'utilisateur.

__TOC__

== Guide ==

=== Remarque importante ===

Veuillez noter que le nombre de connexions simultanées à partir de NoMachine est limité. Afin que tout le monde puisse profiter de ce service, nous vous demandons de bien vouloir vous déconnecter (logout depuis votre session) dès lors que vous n'avez plus besoin d'utiliser l'interface.

Merci pour votre compréhension.

=== Installation ===

Le logiciel est disponible gratuitement [https://www.nomachine.com/download en ligne] pour votre système d'exploitation. Pour l'installer, il suffit de suivre les indications du fichier téléchargé.

=== Démarrer une session ===

Une session permet d'entrer toutes les informations nécessaires au logiciel pour se connecter au serveur du Département. Cette étape n'a besoin d'être faite qu'une seule fois.

{|class="wikitable"
|- valign="top"
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.0_Bienvenue_dans_NoMachine.PNG|center|300px]] 1. Continuer
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.1_Connexions_recentes.PNG|center|300px]] 2. Nouveau
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.2.0_Nouvelle_connexion.PNG|center|300px]] 3. Protocole SSH
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.2.1_Nouvelle_connexion.PNG|center|300px]] 4. Entrez les informations suivantes :
* ''Hôte'': ssh.dms.umontreal.ca
* ''Port'': 22
|- valign="top"
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.2.2_Nouvelle_connexion.PNG|center|300px]] 5. Continuer
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.2.3_Nouvelle_connexion.PNG|center|300px]] 6. Continuer
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.2.4_Nouvelle_connexion.PNG|center|300px]] 7. Continuer
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.2.5_Nouvelle_connexion.PNG|center|300px]] 8. Nommer la connexion et appuyer sur Terminé.
|}

=== Démarrer un bureau virtuel ===

Le bureau virtuel agira comme une fenêtre vers l'environnement informatique du Département. Tout ce que vous ferez dans cette fenêtre s'exécutera sur le serveur du Département.

{|class="wikitable"
|- valign="top"
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.3_Connexions_recentes.PNG|center|300px]] 1. Connecter
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.1_Connexion.PNG|center|300px]] 2. Répondez "Oui" si ce message apparaît.
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.2_Connexion.PNG|center|300px]] 3. Nom d'utilisateur et mot de passe du DMS.
|width=300px| [[Image:NoMachine_1.3_Connexion.PNG|center|300px]] 4. Faites :
* Créer un nouveau bureau virtuel
* Cocher "Sauvegarder cette configuration dans le fichier de connexion"
|}

'''Note''' : Cette session s'exécute sur un serveur qui est partagé avec les autres utilisateurs. Si vous avez besoin de faire des simulations ou de faire des calculs, veuillez le faire en vous connectant à une autre machine à l'aide de la commande [[Simulations|simulations]]. Par exemple, pour lancer [[Mathematica]] sur l'ordinateur [[labostat|Vancouver]], il suffit de taper dans un terminal :

<pre>
ssh -X vancouver
mathematica
</pre>

== Voir aussi ==

=== Articles connexes ===
* [[logiciels|Logiciels au DMS]]
* [[FileZilla|FileZilla]]
* [[psftp|psftp]]
* [[pscp|pscp]]
* [[PuTTY|PuTTY]]
* [[Xming|Xming]]

=== Références externes ===
* [http://www.nomachine.com/ Site officiel de NoMachine NX]

ConnexionFilaire

2017-03-09T17:59:35Z

Fardel : /* Connexion Filaire */

=== Connexion Filaire ===

Pour les étudiants ayant Windows 7 ou une version plus récente et, désirant se connecter directement au réseau de l'université de Montréal via une connexion avec fil réseau, le département DMS offre une connexion filaire en accès libre au local 5222.

Pour plus de détails, veuillez consulter ce document : [http://dms.umontreal.ca/downloads/ConnexionFilaire.pdf Connexion Filaire].

ConnexionFilaire

2017-03-08T20:45:57Z

Fardel : Page créée avec « === Connexion Filaire === Pour les étudiants ayants Windows 7 ou une version plus récente et, désirant se connecter directement au réseau de l'université de Montréa... »

=== Connexion Filaire ===

Pour les étudiants ayants Windows 7 ou une version plus récente et, désirant se connecter directement au réseau de l'université de Montréal via une connexion avec fil réseau, le département DMS offre une connexion filaire en accès libre au local 5222.

Pour les détails, veuillez consultez ce document : [https://dms.umontreal.ca/public_html/ConnexionFilaire.pdf Connexion Filaire].

Accueil

2017-02-23T20:18:33Z

Fardel : /* Simulations */

Bienvenue sur '''WikiDMS''', le wiki de l'informatique au Département de mathématiques et de statistique (DMS).

Si vous êtes un étudiant du 1er cycle, consultez plutôt [[Accueil_1er_cycle|l'accueil des étudiants du premier cycle]].

L'environnement informatique du DMS comprend un [[Compte_MAS | laboratoire]] pour les étudiants de premier cycle et trois laboratoires, [[labodms|labodms]], [[labomat|labomat]] et [[labostat|labostat]], destinés aux étudiants des cycles supérieurs et aux professeurs.

Le réseau est administré par [[Michele_Nasoni|Michele Nasoni]].

__TOC__

== [[Renseignements_pour_nouveaux_étudiants|Nouveaux étudiants]] ==
Vous êtes nouvellement inscrit aux cycles supérieurs? Consultez la page [[Renseignements_pour_nouveaux_étudiants|Renseignements pour nouveaux étudiants]] pour un aperçu de l'environnement informatique proposé au Département : accès à vos [[Configurer_sa_messagerie|courriels]], [[Logiciels|logiciels offerts]] sur les machines, fonctionnement de votre [[Information_sur_les_quotas|compte (quotas)]], etc.

== [[Configurer_sa_messagerie|Configurer sa messagerie]] ==
Vos courriels sont accessibles en tout temps avec le service [https://dms.umontreal.ca/webmail ''webmail'']. Vous pouvez également consulter vos messages à partir d'un client de messagerie (Outlook ou [[Thunderbird|Thunderbird]], par exemple) : consultez la page [[Configurer_sa_messagerie|Configurer sa messagerie]] pour la procédure à suivre.

Pour savoir comment configurer un avis d'absence, transférer des messages ou encore ajouter une signature, consultez plutôt la page [[Webmail|Webmail]].

== [[Logiciels|Logiciels au DMS]] ==
La liste des logiciels installés sur les machines du Département est disponible à la page [[Logiciels|Logiciels]]. Celle-ci comprend notamment : [[Mathematica|Mathematica]], [[MATLAB|MATLAB]], [[SAS|SAS]], [[R|R]], [[S-PLUS|S-PLUS]] [[SPSS|SPSS]] et [[LaTeX|LaTeX]]. La page contient également une liste de logiciels suggérés, comme par exemple [[FileZilla|FileZilla]] pour [[Connexion_à_distance|l'accès à distance]] aux fichiers de votre compte.

== [[LaTeX|LaTeX / gabarit]] ==
LaTeX est un langage et un système de composition de documents employé principalement par la communauté scientifique. Sur la page [[LaTeX|LaTeX]], vous trouverez deux [[LaTeX#Gabarits_du_DMS|gabarits]] (''template''), l'un permettant d'écrire les mémoires et thèses selon les [http://www.fesp.umontreal.ca/fileadmin/Documents/Cheminement/GuidePresentationMemoiresTheses.pdf normes de l'UdeM], et l'autre permettant de faciliter l'écriture d'examens. Vous trouverez aussi plusieurs liens vers des documents utiles pour démarrer l'apprentissage de LaTeX.

== [[Copie_de_sauvegarde|Copie de sauvegarde]] ==
Le Département effectue tous les jours une copie de sauvegarde (''backup'') de vos fichiers et de vos courriels. Consultez la page [[Copie_de_sauvegarde|Copie de sauvegarde]] pour plus de détails.

== [[Connexion_à_distance|Connexion à distance]] ==
Vous avez la possibilité de vous [[Connexion_à_distance|brancher à distance]] sur les machines du Département afin de travailler sur vos fichiers, les télécharger ou encore démarrer une [[Simulations|simulation]] numérique.

== [[Simulations|Simulations]] ==
Les ordinateurs présents dans les laboratoires du Département sont disponibles pour vos simulations. La procédure à suivre, ainsi que les consignes à respecter, sont indiquées sur la page [[Simulations|Simulations]].

== [[Imprimer_à_partir_d'un_portable|Imprimer à partir d'un portable]] ==
Vous pouvez imprimer sur une imprimante d'un laboratoire à partir de votre ordinateur portable, si celui-ci est branché au réseau sans-fil « <tt>UdeM avec cryptage</tt> ». Pour plus de renseignements, consultez la page [[Imprimer_à_partir_d'un_portable|Imprimer à partir d'un portable]].

== [[Page_web_personnelle|Page web personnelle]] ==
En tant qu'usager sur le réseau DMS, vous avez la possibilité de créer une page web personnelle : consultez la page [[Page_web_personnelle|Page web personnelle]] pour la procédure.

== '''Aide informatique''' ==
Le [http://www.dms.umontreal.ca/wiki/ wiki] du Département comprend beaucoup de renseignements mais, si vous ne trouvez pas réponse à votre question, n'hésitez pas à contacter un [[Qui_contacter?|administrateur système]].

Accueil

2017-02-23T20:16:48Z

Fardel : /* Copie de sauvegarde */

Bienvenue sur '''WikiDMS''', le wiki de l'informatique au Département de mathématiques et de statistique (DMS).

Si vous êtes un étudiant du 1er cycle, consultez plutôt [[Accueil_1er_cycle|l'accueil des étudiants du premier cycle]].

L'environnement informatique du DMS comprend un [[Compte_MAS | laboratoire]] pour les étudiants de premier cycle et trois laboratoires, [[labodms|labodms]], [[labomat|labomat]] et [[labostat|labostat]], destinés aux étudiants des cycles supérieurs et aux professeurs.

Le réseau est administré par [[Michele_Nasoni|Michele Nasoni]].

__TOC__

== [[Renseignements_pour_nouveaux_étudiants|Nouveaux étudiants]] ==
Vous êtes nouvellement inscrit aux cycles supérieurs? Consultez la page [[Renseignements_pour_nouveaux_étudiants|Renseignements pour nouveaux étudiants]] pour un aperçu de l'environnement informatique proposé au Département : accès à vos [[Configurer_sa_messagerie|courriels]], [[Logiciels|logiciels offerts]] sur les machines, fonctionnement de votre [[Information_sur_les_quotas|compte (quotas)]], etc.

== [[Configurer_sa_messagerie|Configurer sa messagerie]] ==
Vos courriels sont accessibles en tout temps avec le service [https://dms.umontreal.ca/webmail ''webmail'']. Vous pouvez également consulter vos messages à partir d'un client de messagerie (Outlook ou [[Thunderbird|Thunderbird]], par exemple) : consultez la page [[Configurer_sa_messagerie|Configurer sa messagerie]] pour la procédure à suivre.

Pour savoir comment configurer un avis d'absence, transférer des messages ou encore ajouter une signature, consultez plutôt la page [[Webmail|Webmail]].

== [[Logiciels|Logiciels au DMS]] ==
La liste des logiciels installés sur les machines du Département est disponible à la page [[Logiciels|Logiciels]]. Celle-ci comprend notamment : [[Mathematica|Mathematica]], [[MATLAB|MATLAB]], [[SAS|SAS]], [[R|R]], [[S-PLUS|S-PLUS]] [[SPSS|SPSS]] et [[LaTeX|LaTeX]]. La page contient également une liste de logiciels suggérés, comme par exemple [[FileZilla|FileZilla]] pour [[Connexion_à_distance|l'accès à distance]] aux fichiers de votre compte.

== [[LaTeX|LaTeX / gabarit]] ==
LaTeX est un langage et un système de composition de documents employé principalement par la communauté scientifique. Sur la page [[LaTeX|LaTeX]], vous trouverez deux [[LaTeX#Gabarits_du_DMS|gabarits]] (''template''), l'un permettant d'écrire les mémoires et thèses selon les [http://www.fesp.umontreal.ca/fileadmin/Documents/Cheminement/GuidePresentationMemoiresTheses.pdf normes de l'UdeM], et l'autre permettant de faciliter l'écriture d'examens. Vous trouverez aussi plusieurs liens vers des documents utiles pour démarrer l'apprentissage de LaTeX.

== [[Copie_de_sauvegarde|Copie de sauvegarde]] ==
Le Département effectue tous les jours une copie de sauvegarde (''backup'') de vos fichiers et de vos courriels. Consultez la page [[Copie_de_sauvegarde|Copie de sauvegarde]] pour plus de détails.

== [[Connexion_à_distance|Connexion à distance]] ==
Vous avez la possibilité de vous [[Connexion_à_distance|brancher à distance]] sur les machines du Département afin de travailler sur vos fichiers, les télécharger ou encore démarrer une [[Simulations|simulation]] numérique.

== [[Simulations|Simulations]] ==
Les ordinateurs présents dans les laboratoires du Département sont disponibles pour vos simulations. La procédure à suivre, ainsi que les consignes à respecter, sont indiquées à la page [[Simulations|Simulations]].

== [[Imprimer_à_partir_d'un_portable|Imprimer à partir d'un portable]] ==
Vous pouvez imprimer sur une imprimante d'un laboratoire à partir de votre ordinateur portable, si celui-ci est branché au réseau sans-fil « <tt>UdeM avec cryptage</tt> ». Pour plus de renseignements, consultez la page [[Imprimer_à_partir_d'un_portable|Imprimer à partir d'un portable]].

== [[Page_web_personnelle|Page web personnelle]] ==
En tant qu'usager sur le réseau DMS, vous avez la possibilité de créer une page web personnelle : consultez la page [[Page_web_personnelle|Page web personnelle]] pour la procédure.

== '''Aide informatique''' ==
Le [http://www.dms.umontreal.ca/wiki/ wiki] du Département comprend beaucoup de renseignements mais, si vous ne trouvez pas réponse à votre question, n'hésitez pas à contacter un [[Qui_contacter?|administrateur système]].

Accueil

2017-02-23T20:14:29Z

Fardel : /* Logiciels au DMS */

Bienvenue sur '''WikiDMS''', le wiki de l'informatique au Département de mathématiques et de statistique (DMS).

Si vous êtes un étudiant du 1er cycle, consultez plutôt [[Accueil_1er_cycle|l'accueil des étudiants du premier cycle]].

L'environnement informatique du DMS comprend un [[Compte_MAS | laboratoire]] pour les étudiants de premier cycle et trois laboratoires, [[labodms|labodms]], [[labomat|labomat]] et [[labostat|labostat]], destinés aux étudiants des cycles supérieurs et aux professeurs.

Le réseau est administré par [[Michele_Nasoni|Michele Nasoni]].

__TOC__

== [[Renseignements_pour_nouveaux_étudiants|Nouveaux étudiants]] ==
Vous êtes nouvellement inscrit aux cycles supérieurs? Consultez la page [[Renseignements_pour_nouveaux_étudiants|Renseignements pour nouveaux étudiants]] pour un aperçu de l'environnement informatique proposé au Département : accès à vos [[Configurer_sa_messagerie|courriels]], [[Logiciels|logiciels offerts]] sur les machines, fonctionnement de votre [[Information_sur_les_quotas|compte (quotas)]], etc.

== [[Configurer_sa_messagerie|Configurer sa messagerie]] ==
Vos courriels sont accessibles en tout temps avec le service [https://dms.umontreal.ca/webmail ''webmail'']. Vous pouvez également consulter vos messages à partir d'un client de messagerie (Outlook ou [[Thunderbird|Thunderbird]], par exemple) : consultez la page [[Configurer_sa_messagerie|Configurer sa messagerie]] pour la procédure à suivre.

Pour savoir comment configurer un avis d'absence, transférer des messages ou encore ajouter une signature, consultez plutôt la page [[Webmail|Webmail]].

== [[Logiciels|Logiciels au DMS]] ==
La liste des logiciels installés sur les machines du Département est disponible à la page [[Logiciels|Logiciels]]. Celle-ci comprend notamment : [[Mathematica|Mathematica]], [[MATLAB|MATLAB]], [[SAS|SAS]], [[R|R]], [[S-PLUS|S-PLUS]] [[SPSS|SPSS]] et [[LaTeX|LaTeX]]. La page contient également une liste de logiciels suggérés, comme par exemple [[FileZilla|FileZilla]] pour [[Connexion_à_distance|l'accès à distance]] aux fichiers de votre compte.

== [[LaTeX|LaTeX / gabarit]] ==
LaTeX est un langage et un système de composition de documents employé principalement par la communauté scientifique. Sur la page [[LaTeX|LaTeX]], vous trouverez deux [[LaTeX#Gabarits_du_DMS|gabarits]] (''template''), l'un permettant d'écrire les mémoires et thèses selon les [http://www.fesp.umontreal.ca/fileadmin/Documents/Cheminement/GuidePresentationMemoiresTheses.pdf normes de l'UdeM], et l'autre permettant de faciliter l'écriture d'examens. Vous trouverez aussi plusieurs liens vers des documents utiles pour démarrer l'apprentissage de LaTeX.

== [[Copie_de_sauvegarde|Copie de sauvegarde]] ==
Le Département effectue à tous les jours une copie de sauvegarde (''backup'') de vos fichiers et de vos courriels. Consultez la page [[Copie_de_sauvegarde|Copie de sauvegarde]] pour plus de détails.

== [[Connexion_à_distance|Connexion à distance]] ==
Vous avez la possibilité de vous [[Connexion_à_distance|brancher à distance]] sur les machines du Département afin de travailler sur vos fichiers, les télécharger ou encore démarrer une [[Simulations|simulation]] numérique.

== [[Simulations|Simulations]] ==
Les ordinateurs présents dans les laboratoires du Département sont disponibles pour vos simulations. La procédure à suivre, ainsi que les consignes à respecter, sont indiquées à la page [[Simulations|Simulations]].

== [[Imprimer_à_partir_d'un_portable|Imprimer à partir d'un portable]] ==
Vous pouvez imprimer sur une imprimante d'un laboratoire à partir de votre ordinateur portable, si celui-ci est branché au réseau sans-fil « <tt>UdeM avec cryptage</tt> ». Pour plus de renseignements, consultez la page [[Imprimer_à_partir_d'un_portable|Imprimer à partir d'un portable]].

== [[Page_web_personnelle|Page web personnelle]] ==
En tant qu'usager sur le réseau DMS, vous avez la possibilité de créer une page web personnelle : consultez la page [[Page_web_personnelle|Page web personnelle]] pour la procédure.

== '''Aide informatique''' ==
Le [http://www.dms.umontreal.ca/wiki/ wiki] du Département comprend beaucoup de renseignements mais, si vous ne trouvez pas réponse à votre question, n'hésitez pas à contacter un [[Qui_contacter?|administrateur système]].

Dropbox

2017-02-23T20:11:53Z

Fardel : /* Installation */

[[Catégorie:Logiciels]]

[[Image:Dropbox_Icon.jpg|thumb|Dropbox]]

Dropbox est un service de stockage et de partage de copies de fichiers locaux en ligne.

[[File:Attention.png|20px]] Pour le moment, le service n'est offert que dans les laboratoires du DMS.

__TOC__

== Installation ==

Pour installer le logiciel vous n'avez qu'à entrer, dans une fenêtre du terminal, la commande :

<pre>
DropboxPourDMS.sh
</pre>

Un message s'affichera alors, vous informant que le Département n'est pas responsable des erreurs ou problèmes qui pourraient survenir suite à l'utilisation de Dropbox. Votre consentement est nécessaire pour poursuivre l'installation.

Ensuite, il vous sera demandé si vous désirez que Dropbox démarre automatiquement lorsque vous vous connectez à un poste de travail.

Finalement, un fenêtre s'ouvrira et vous pourrez compléter le processus de configuration de Dropbox en suivant les instructions qui seront affichées.

'''Note :'''

* Il est préférable de ne pas modifier le chemin vers le répertoire de votre Dropbox. Un lien sera créer automatiquement dans votre répertoire ''home''.

* Lorsque demandé, vous devez cocher l'option ''Typical''.

== Désinstallation ==

Avant de désinstaller Dropbox, il est important de fermer le logiciel. Pour vous en assurer, il suffit de vérifier que l'icône du logiciel ne se retrouve pas dans la barre du haut. Vous pouvez désinstaller Dropbox en entrant, dans un terminal, la commande :

<pre>
DropboxPourDMS.sh uninstall
</pre>

== Fonctionnement ==

Dropbox est un service d’informatique en nuage accessible via n'importe quel navigateur Web, mais aussi en utilisant un client multisystème d'exploitation : sous Linux pour x86 et x86_64, Macintosh, MS Windows, iOS ainsi que sur Android, sur BlackBerry et sur webOS. Ce client permet d'utiliser Dropbox de manière transparente, les fichiers localisés sur le répertoire sauvegardé du disque dur de l'ordinateur étant copiés sur le serveur Dropbox après chaque enregistrement.

Par ailleurs, Dropbox :

* permet la synchronisation des fichiers stockés sur différents ordinateurs
* fonctionne de manière transparente (les sauvegardes et synchronisations sont automatiques)
* le site web permet d'accéder à une copie des fichiers, mais également à leurs versions successives et à une copie des fichiers détruits.

Pour utiliser Dropbox, sur nos machines, vous n'avez qu'à cliquer sur l’icône apparaissant dans la barre d'outil en haut de l'écran. Ensuite, vous n'avez qu'à glisser les dossiers ou document, que vous désirez mettre sur le nuage, dans la fenêtre qui s'est ouverte.
Ainsi vous pourrez les récupérer à partir du site officiel de [https://www.dropbox.com/ Dropbox] ou d'un logiciel Dropbox installer sur n'importe quel ordinateur.

'''Note :''' Vous pouvez aussi vous rendre directement au dossier: /NOBACKUP/<USER>/Dropbox et y déposer vos fichiers.

== Voir aussi ==

=== Articles connexes ===

* [[logiciels|Logiciels au DMS]]

=== Références ===

* [https://www.dropbox.com/ site officiel]
* [http://en.wikipedia.org/wiki/Dropbox_%28service%29 Dropbox sur Wikipédia]

Réseau sécurisé

2017-02-23T18:58:46Z

Fardel :

Certains services offerts à l'Université de Montréal et au Département ne sont accessibles qu'à partir d'un réseau sécurisé. Ce réseau permet de restreindre les services à la communauté universitaire, ce qui constitue un mesure de sécurité préventive. Concrètement, le réseau sécurisé de l'UdeM est un [http://fr.wikipedia.org/wiki/R%C3%A9seau_priv%C3%A9_virtuel réseau privé virtuel (VPN)] qui est établi par la [http://www.dgtic.umontreal.ca/ DGTIC].

__TOC__

== Se connecter au réseau sécurisé ==

Deux façons permettent de se connecter au réseau sécurisé de l'Université de Montréal.

* '''Sur le campus :''' Tous les postes informatiques du campus et le réseau sans fil ''UdeM avec cryptage'' sont connectés à ce réseau. Il n'y a donc rien à faire pour de plus que se connecter.
* '''À l'extérieur du campus :''' D'abord, il faut accéder à [https://vpn.umontreal.ca/ vpn.umontreal.ca] et s'authentifier. Il s'agit ensuite de sélectionner ''Network Connect'' et de suivre les instructions. ([http://www.dgtic.umontreal.ca/reseau/vpn.html Plus de renseignements])

[[File:Attention.png|20px]] '''Pour les utilisateurs de Mac''' : Après une première connexion, vous pouvez démarrer Network Connect avec l'alias disponible dans le Dock (si vous l'avez ajouté) ou dans le dossier Applications de votre Mac. Dans « Connexion à : », vous devez entrer ''vpn.umontreal.ca'' pour vous connecter rapidement.

== Voir aussi ==

=== '''Articles connexes''' ===
* [[Connexion_à_distance|Se connecter à distance au DMS]]
* [[Réseau sans-fil avec cryptage|Réseau sans-fil avec cryptage]]

LaTeX

2017-02-14T19:13:40Z

Fardel : /* Mémoires, thèses et travaux */

[[Catégorie:Logiciels]]

[[Image:LaTeX_Logo.png|thumb]]

'''LaTeX''' désigne à la fois un langage de balisage et un logiciel de composition de documents qui est largement employé par la communauté scientifique. Ce logiciel exige de la part de l'auteur de se concentrer sur la structure et le contenu de son texte, puisqu'il prend en charge la plupart des aspects de la mise en page. En conséquence, il facilite la rédaction d'ouvrages d'envergure tels que les mémoires et les thèses. De plus, il gère particulièrement bien les symboles et les équations mathématiques.

Au DMS, les mémoires et les thèses des étudiants doivent être rédigés avec LaTeX selon les normes de la Faculté des études supérieures et postdoctorales. Plus de renseignements à ce sujet se trouvent à la section [[LaTeX#Gabarit_du_DMS|Gabarit]].

__TOC__

== Fonctionnement général ==

=== Le langage ===

[[Image:TeX_Live_Logo.png|thumb|TeX Live est la distribution de LaTeX installée au Département]]

Le logiciel LaTeX est en fait un langage de programmation au même titre que le langage C ou le langage HTML. À l'instar du langage HTML pour les sites web, le langage LaTeX permet de coder la [http://fr.wikipedia.org/wiki/Mise_en_page mise en page] pour des documents. Le principe est de [http://fr.wikipedia.org/wiki/S%C3%A9paration_du_fond_et_de_la_forme séparer le fond de la forme], afin que l'auteur puisse mettre son énergie à rédiger le contenu sans être distrait par l'apparence de son document. En écrivant en langage LaTeX, l'utilisateur doit donc définir sémantiquement le contenu de son document plutôt que visuellement. Par exemple, si l'on veut écrire un titre à l'aide de MS Word, il faut augmenter la taille de la police de caractère et centrer le texte afin d'inscrire son titre. Avec LaTeX, il faut plutôt user de la balise <code>title</code> tel quel dans le fichier.

Pour rédiger un document avec LaTeX, il faut donc écrire un fichier qui servira de source pour réaliser un document bien mis en page. Typiquement, la source consistera en un dossier qui contiendra un ou plusieurs fichiers portant l'extension <code>.tex</code>, auxquels on ajoutera optionnellement des images ou d'autres fichiers nécessaires à la réalisation d'une bibliographie. Dans ces fichiers, le contenu du document sera entrecoupé de balises servant à spécifier les caractéristiques de mise en page de l'ouvrage et de mise en forme du texte.

Par exemple, dans le fichier source on pourra écrire :
<pre>
\emph{ceci sera affiché en italique dans une thèse.}
</pre>
La balise <code>emph</code>, qui tient lieu pour ''emphasize'' en anglais, sert à accentuer un segment de texte dans un document. Ainsi, dans un livre ou un article, le texte sera affiché en italique. Par contre, dans une [[Beamer|présentation]] par diapositives, la même commande produira un texte coloré en rouge. Avec des commandes plus avancées, il est même possible de redéfinir le résultat que produira cette commande pour l'adapter à aux besoins et aux goûts de l'auteur.

=== Avantages ===

Une fois que la source est écrite et correctement codée, une étape de compilation permet de produire un document fini. Ce processus en deux étapes permet plusieurs fonctionnalités qui avantage LaTeX vis-à-vis des autres logiciels de traitement de texte. Deux principales qualités seraient la gestion automatique du référencement et une typographie de grande qualité.

La gestion automatique du référencement permet de gérer autant les différentes parties d'un ouvrage que les citations, les notes de bas de page ou la création d'un index. En ayant accès à la totalité du contenu à produire, LaTeX peut analyser la source et produire dans un style uniforme tout le document avec une page titre, une table des matières, une bibliographie, un index, etc. sans que l'auteur ne doivent recopier lui-même l'information pour obtenir ces pages. Par exemple, une simple utilisation de la balise <code>\chapter</code> produira un document où les chapitres se trouveront toujours sur une page impaire et où la table des matières sera ajustée pour inclure tous les chapitres. Cette pratique évite de produire de fausses références ou d'y ajouter de la redondance en plus d'assurer un style uniforme. Ce dernier point prend toute sa valeur pour l'écriture d'un ouvrage par plusieurs auteurs. Pensons, entres autres, à l'écriture d'un article scientifique ou simplement à un travail d'équipe.

D'un autre côté, les documents produits avec LaTeX respectent un usage professionnel des règles de typographie. En effet, pour produire une typographie convenable, il ne suffit pas d'aligner des caractères les uns après les autres, il faut aussi respecter le contexte où les caractères se trouvent. Deux excellents exemples seraient que LaTeX gère correctement la [http://fr.wikipedia.org/wiki/C%C3%A9sure_%28typographie%29 césure] ou [http://fr.wikipedia.org/wiki/Veuves_et_orphelines les lignes veuves et les orphelines], mais pour le cas qui nous intéresse, c'est l'édition des équations et des symboles mathématiques qui illustre le mieux la typographie avancée de LaTeX. En effet, dans LaTeX, les symboles d'adaptent à leur contexte pour produire des équations agréables et ordonnées. C'est cet aspect qui explique l'excellente réputation de LaTeX dans le milieu scientifique.

=== Distributions et éditeurs ===

[[Image:Kile_Logo.png|thumb|Kile est l'éditeur par défaut au Département]]

LaTeX est un logiciel libre auquel l'utilisateur doit ajouter des extensions selon ses besoins. Pour faciliter l'installation du logiciel, il est possible de télécharger des distributions de LaTeX qui comprennent le compilateur ainsi que plusieurs extensions qui forment un tout cohérent et complet. Une des distributions les plus populaires pour l'environnement Linux est [http://www.tug.org/texlive/ TeX Live] et c'est cette distribution qui est utilisée au Département. [http://www.miktex.org/ MiKTex] et [http://www.tug.org/mactex/ MacTex], qui sont disponibles respectivement pour l'environnement Windows et Mac OS X, sont aussi très populaires.

Comme le fichier source peut parfois être difficile à rédiger, il est recommandé d'utiliser un éditeur de texte compatible avec LaTeX. En effet, un bon éditeur pourra vérifier certaines erreurs de programmation courantes, offira la coloration syntaxique, analysera le fichier source pour y naviguer facilement, etc. Au Département, [[Kile|Kile]] est l'éditeur par défaut. On retrouve aussi l'extension très complète [http://www.gnu.org/software/auctex/ AUCTeX], qui est disponible avec Emacs, et Gedit qui offre la coloration syntaxique.

== Pour débuter avec LaTeX ==

=== Apprendre le langage ===

Afin de pouvoir exploiter le potentiel de LaTeX, l'utilisateur doit connaître un minimum de commandes du langage. Voici donc quelques liens utiles pour apprendre les bases et commencer à rédiger :

* [http://mirror.ctan.org/info/lshort/english/lshort.pdf ''The Not So Short Introduction to LaTeX 2ε''];
* [http://mirror.ctan.org/info/simplified-latex/simplified-intro.pdf ''A Simplified Introduction to LateX''];
* les pages de [http://fr.wikibooks.org/wiki/LaTeX LaTeX en français] et de [http://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX LaTeX en anglais] sur Wikibooks;
* la [http://www.ctan.org/starter.html page d'introduction] de CTAN (Comprehensive TeX Archive Network).

=== Utiliser LaTeX chez soi ===

Pour rédiger des documents à l'aide de LaTeX chez soi, il est important d'installer une distribution et un éditeur. Heureusement, plusieurs sont disponibles gratuitement en ligne. Notamment, une [http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_TeX_editors comparaison des différents éditeurs LaTeX] est disponible sur Wikipédia.

Pour l'environnement Windows, la distribution [http://miktex.org/download MiKTex] et l'éditeur [http://www.xm1math.net/texmaker/download_fr.html Texmaker] sont performants et simples d'utilisation. il suffit de cliquer sur les liens pour télécharger leur dernière version, et ce gratuitement. Voici un cour guide pour installer MiKTex :

{| class="wikitable"
|- valign="top"
|width=300px| [[Image:Miktex-Installation-1.png|center|300px]] 1. Acceptez les conditions. Ensuite, appuyez sur ''Next''.
|width=300px| [[Image:Miktex-Installation-2.png|center|300px]] 2. Choisissez de partager l'installation de MiKTex avec les autres usagers, ou la restreindre à celui de la session en cours. Ensuite, appuyez sur ''Next''.
|width=300px| [[Image:Miktex-Installation-3.png|center|300px]] 3. Choisissez le répertoire dans lequel MiKTex sera installé, ou garder celui par défaut. Ensuite, appuyez sur ''Next''.
|- valign="top"
|width=300px| [[Image:Miktex-installation-4.png|center|300px]] 4. Vérifiez que le format papier est bien ''Lettre'' puis choisissez comment vous désirez gèrer les extensions. Ensuite, appuyez sur ''Next''.
|width=300px| [[Image:Miktex-Installation-5.png|center|300px]] 5. Appuyez sur ''Next''.
|width=300px| [[Image:Miktex-Installation-6.png|center|300px]] 6. Une fois l'installation terminée, appuyez sur ''Next''.
|}
Pour une démarche plus détaillée, voici une brève [http://www.youtube.com/watch?v=ZWxZYXfaDXE&feature=youtu.be capsule vidéo] contenant toutes les étapes pour télécharger et installer ces deux logiciels.


=== Exemple minimal ===

Pour débuter rapidement, voici un exemple rudimentaire de code LaTeX qui affiche "Hello World!" suivi d'une formule mathématique et d'une image :

<pre>
\documentclass[11pt]{article} % Règle le type de document à "article" et la taille de la police à 11 pt.

\usepackage[utf8]{inputenc} % Indique à LaTeX que l'encodage du fichier source est UTF-8.
\usepackage[T1]{fontenc} % Assure un enregistrement adéquat des accents dans le fichier compilé.
\usepackage{lmodern} % Charge la fonte vectorielle "Latin Modern", une version de la fonte
% par défaut "Computer Modern", qui supporte les caractères latins.

\usepackage[french]{babel} % "babel", avec l'option "french", pour utiliser la typographie française.
\usepackage{graphicx} % Pour inclure des images dans le document.

\begin{document} % Début du document.

Hello World!

Quelques accents : à, é, ô, ï. % Les accents devraient s'afficher correctement.

$$ % Le code compris entre $$ permet de produire des équations mathématiques
\sum_{n=1}^\infty\frac{1}{n^2}=\frac{\pi^2}{6} % qui ne sont pas numérotées. Pour des équations numérotées, utilisez
$$ % \begin{equation} et \end{equation}.

\begin{figure}[h] % Notons l'option h (pour "here") qui demande que l'image se retrouve dans
% le document au même endroit où elle se trouve dans le fichier source.
\begin{center} % L'image sera centrée sur la page et
\includegraphics[width=0.75\textwidth]{image.png} % elle doit occuper 75 % de la largeur de la zone de texte.
\caption{Une image.} % Le texte "Une image." sera affiché en légende.
\label{fig:image} % Pour faire référence à cette figure dans le document, il suffit d'entrer
\end{center} % "\ref{fig:image}", ce qui affichera le numéro de la figure.

\end{figure}

\end{document} % Fin du document.
</pre>

Voici la marche à suivre pour produire le document formaté avec [[Kile|Kile]] :

# Créer un nouveau fichier avec Kile et y copier le code ci-dessus avant de l'enregistrer.
# Télécharger l'image [http://www.dms.umontreal.ca/wiki/images/3/34/Image.png ''image.png''] et la placer dans le même répertoire que le fichier ''.tex''.
# Dans Kile, compiler votre fichier en cliquant sur ''LaTeX'' ou ''PDFLaTeX'' en haut à droite. La procédure est imagée sur la page de [[Kile|Kile]].
# Pour voir le résultat, cliquer sur ''ViewDVI'' ou ''ViewPDF''. Le document produit devrait être identique à [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/LaTeX/exemple.pdf celui-ci].

=== Un exemple plus avancé ===

LaTeX permet de se concentrer sur le contenu en gérant lui-même le style. Par contre pour des besoins particuliers, il est quand même nécessaire de détailler à l'aide de quelques commandes le style du document que l'on désire créer. L'élaboration d'un style peut parfois prendre quelques temps, surtout la première fois. Pour accélérer le processus, voici un exemple de style simple que l'on peut modifier facilement et qui est destiné à produire des devoirs.

<pre>
\documentclass[11pt]{article}

\usepackage[french]{babel} % "babel", avec l'option "french", pour utiliser la typographie française.
\usepackage[utf8]{inputenc} % Indique à LaTeX que l'encodage du fichier source est UTF-8.

\usepackage{arev} % Pour utiliser la police de caractères Arev.
\usepackage[T1]{fontenc} % On utilise la norme T1 pour l'encodage de la fonte.

\usepackage[margin=2cm, vmargin=2.5cm]{geometry} % Les marges seront de 2 cm, les marges verticales de 2.5 cm.

\usepackage{fancyhdr} % Cette extension permet de créer rapidement des entêtes personnalisées.
\fancyhf{} % D'abord, il faut supprimer le style utilisé pas défaut.
\fancyhead[L]{Géométrie arithmétique} % À gauche (option L), on écrit le nom du cours : Géométrie arithmétique.
\fancyhead[R]{Pierre Desrochers} % À droite (option R), on écrit notre nom : Pierre Desrochers.
\fancyfoot[C]{\thepage} % En pied de page, on insère le numéro de page au centre (option C).
\renewcommand\headrulewidth{0pt} % Par défaut, une ligne est utilisé en entête. Or on la supprime ici.
\pagestyle{fancy} % On utilisera le sytle fancy que l'on vient juste de redéfinir.

\newcommand{\exercice}[2]{ % Une macro à 2 arguments pour écrire les exercices rapidement.
\noindent\underline{\large {#1}} % Sans indentation, on souligne le numéro de la question (#1).
\medskip % Un espage moyen entre le numéro de la question et la question.
\par{#2}\bigskip % On mets la question (#2) dans un paragraphe suivi d'un espace vertical.
}

\begin{document} % Début du document

\begin{center} % On centre le titre
{\LARGE Devoir 5} % qui sera affiché très gros (plus gros que \large).
\end{center}
\bigskip

\exercice{Exercice 1}{Soit $f:A \rightarrow B$ une fonction qui présente
certaines propriétés. Démontrez qu'elle en possède d'autres.}

J'écris ici ma démonstration.

\end{document} % Fin du document
</pre>

[[Image:exemple-devoir.png|thumb|Le résultat du code ci-haut.]]

Voici la marche à suivre pour produire le document formaté avec [[Kile|Kile]] :

# Créer un nouveau fichier avec Kile et y copier le code ci-dessus avant de l'enregistrer.
# Dans Kile, compiler votre fichier en cliquant sur ''PDFLaTeX'' en haut à droite. La procédure est imagée sur la page de [[Kile|Kile]].
# Pour voir le résultat, cliquer sur ''ViewPDF''.

=== Un conseil pour les images ===

Bien que LaTeX permet d'insérer des images sous plusieurs formats, un certain type d'image est à privilégier pour produire des documents plus portables. Il s'agit des [http://fr.wikipedia.org/wiki/Image_vectorielle images vectorielles]. Par opposition aux images matricielles que l'on utilisent habituellement, les images vectorielles ne représentent pas une image comme un tableau de points nommés pixels. Elles enregistrent plutôt l'information géométrique d'une image et calcul une nouvelle disposition des pixels à chaque affichage. En conséquence, elles ne sont aucunement affectées par une mise à l'échelle.

Généralement, les images vectorielles se présentent sous le format <code>.pdf</code> ou <code>.eps</code>. Elles sont particulièrement bien adaptées pour produire des diagrammes et des schémas, car ces images sont souvent composés de structures simples. Au département, il est possible de produire des images vectorielles à l'aide de [[Inkscape]] et de [[GIMP]].

=== Quelques extensions courantes ===

Presque toutes les extensions de LaTeX se trouvent sur [http://www.ctan.org/ CTAN] (The Comprehensive TeX Archive Network). On y trouve beaucoup d'extensions courantes avec leur documentation. En cas de doute, la recherche de la fonctionnalité désirée dans un moteur de recherche permet généralement d'identifier rapidement l'extension qui offre cette fonctionnalité.

Pour utiliser une extension, il est nécessaire de la charger au moment de la compilation du fichier source. Pour ce faire, il suffit d'utiliser la balise <code>usepackage</code>. Par exemple, la ligne suivante, insérée dans le préambule du fichier, chargera l'extension [http://www.ams.org/publications/authors/tex/amslatex amsmath].

<pre>
\usepackage{amsmath}
</pre>

Voici aussi une brève liste d'extensions pertinentes :

* Mise en forme
** [ftp://ftp.ams.org/pub/tex/doc/amsmath/amsldoc.pdf ''amsmath''] pour écrire selon les normes de l'AMS;
** [http://www.tug.org/applications/hyperref/ftp/doc/manual.pdf ''hyperref''] permet l'ajout d'hyperliens dans le document de sortie (PDF ou EPS);
** [http://mirror.its.dal.ca/ctan/macros/latex/contrib/natbib/natbib.pdf ''natbib''] assure que les citations apparaissent au format ''auteur-année'' et offre plus de contrôle sur les listes de références avec BibTeX;
* Diagrammes commutatifs
** [http://www.jmilne.org/not/Mamscd.pdf ''amscd''] est simple, mais minimal;
** [http://www.paultaylor.eu/diagrams/ ''diagrams''] offre plusieurs fonctionnalités;
** [http://mirror.hmc.edu/ctan/graphics/pgf/contrib/tikz-cd/tikz-cd-doc.pdf ''tikz-cd''] est une extension très complète;
* Images
** [ftp://ftp.tex.ac.uk/tex-archive/macros/latex/contrib/oberdiek/epstopdf.pdf ''epstopdf''] permet l'inclusion d'images EPS avec ''pdfLaTeX'';
** [http://tug.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/floatflt/floatflt.pdf ''floatflt''] pour insérer des images entourées de texte;
** [ftp://ctan.cms.math.ca/graphics/pstricks/base/doc/pstricks-doc.pdf ''PSTricks''] permet de concevoir des images vectorielles de grande qualité, d'y incorporer du texte et des équations directement dans votre code;
** [ftp://ctan.tug.org/tex-archive/macros/latex/contrib/subfig/subfig.pdf ''Subfig''] offre plus de possibilités pour l'affichage d'images;
* Insertion de code
** [http://mirror.csclub.uwaterloo.ca/CTAN/macros/latex/contrib/sagetex/sagetexpackage.pdf ''SageTeX''] permet d'employer, dans vos documents LaTeX, du code [[Sage|Sage]];
** [http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/required/tools/verbatim.pdf ''verbatim''] permet d'écrire textuellement, sans que les commandes LaTeX ne soient pris en compte.

=== Faire une bibliographie ===

Il est possible de créer une brève bibliographie à la fin de n'importe quel document LaTeX à l'aide de l'environnement <code>thebibliography</code>. Par contre, si l'on cite souvent les mêmes sources pour différents documents, il peut être avantageux d'utiliser une fonctionnalité de LaTeX qui gère les bibliographies. Cette fonctionnalité, nommé [http://en.wikipedia.org/wiki/BibTeX BibTeX], permet de se créer un banque de sources dans un fichier portant l'extension ''.bib''. De cette façon, on évite de recopier la source à chaque document que l'on écrit. Il suffit de mettre une copie du fichier ''.bib'' dans le même répertoire que le document ''.tex'' et toutes les sources peuvent être référencées. Un exemple de document dont la bibliographie est générée par BibTeX est disponible à la section [[LaTeX#Gabarit_du_DMS|Gabarit]].

BibTeX permet également de modifier rapidement le style de la bibliographie à l'aide de la commande <code>bibliographystyle{</code>''fichier de style à utiliser''<code>}</code>. Voici quelques fichiers de style propices aux bibliographies françaises que vous pouvez utiliser :

* [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/BibTeX/plain-fr.bst plain-fr]
* [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/BibTeX/alpha-fr.bst alpha-fr]

* [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/BibTeX/stat-fr.bst stat-fr]

=== Obtenir de l'aide ===

Comme pour la plupart des logiciels libres, Internet abonde de ressources pour vous aider dans vos projets. Par conséquent, la meilleure ressource consiste en un bon moteur de recherche en ligne. Pour les problèmes mineurs, c'est la façon la plus rapide de trouver la solution à son problème. Sinon, quelques forums tels que [http://tex.stackexchange.com TeX Stack Exchange] permettent de poser des questions techniques.

Au Département, il est aussi possible d'obtenir de l'aide auprès de l'équipe informatique. Veuillez consulter la page [[Qui_contacter?|Qui contacter?]] pour savoir à qui vous adresser.

== Particularités liées au français ==

=== Encodage ===

==== Le fichier source ====

Pour que LaTeX interprète correctement les accents et les caractères inexistants dans l'alphabet anglais, il est nécessaire d'utiliser l'extension ''inputenc'' et d'y spécifier l'encodage du fichier source. L'[http://fr.wikipedia.org/wiki/Codage_de_caract%C3%A8res encodage] des caractères d'un fichier permet de faire le lien entre le code binaire et les caractères de l'alphabet lors de la lecture du document par l'ordinateur. Par exemple, la commande ci-bas, qui doit être insérée dans l'entête du fichier (c'est-à-dire avant <code>\begin{document}</code>), signifie que le fichier source est écrit selon l'encodage UTF-8, ce qui permet au logiciel d'associer le bon caractère à une suite binaire.

<pre>
\usepackage[utf8]{inputenc}
</pre>

Le type d'encodage par défaut dépend du système d'exploitation utilisé. Cependant, rien n'empêche l'utilisateur de choisir un autre encodage pour ses fichiers. Le tableau suivant indique les encodages les plus couramment employés par les systèmes d'exploitation, ainsi que l'option de l'extension ''inputenc'' à utiliser.

{| class="wikitable" style="text-align:center"
! Système !! Nom de l'option !! Type d'encodage
|-
| Windows
| ansinew || Windows-1252 ou CP-1252
|-
| Linux
| latin1 || ISO-8859-1
|-
|
| utf8 || UTF-8
|-
| Mac OS
| applemac || Apple MacIntosh
|}

Pour plus de détails concernant l'encodage ainsi que sur l'écriture en langues différentes de l'anglais, consultez la page sur l'[http://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX/Internationalization internationalisation] de Wikibooks à ce sujet.

==== Le document fini ====

Contrairement au fichier source, le document fini n'est pas un fichier de texte pure. L'encodage du document fini n'est donc pas le lien entre une suite binaire et un caractère. Il s'agit plutôt d'un lien entre une suite binaire et l'image d'un caractère dans une [http://fr.wikipedia.org/wiki/Fonte_de_caract%C3%A8res fonte]. Il s'agit d'une différence subtile, mais qui augmente grandement les possibilités d'affichage. Par exemple, c'est ce qui permet d'afficher des lettres en italiques ou en gras.

En particulier, pour les documents finis en français, il est recommandé d'utiliser l'encodage <code>T1</code> en ajoutant la commande suivante en entête.

<pre>
\usepackage[T1]{fontenc}
</pre>

Cet encodage assure que les lettres accentuées seront encodées en un seul symbole plutôt que deux (le caractère et son accent). En particulier, ceci assure que les copier-coller effectués sur le document fini géreront bien les accents.

=== Règles de typographie française ===

LaTeX est un logiciel de traitement de texte qui prend en charge la presque totalité des règles de typographie contemporaines. Lors de l'écriture d'un document, il est important de spécifier au logiciel d'utiliser les règles de typographie de la langue de rédaction, car elles diffèrent selon la langue. Par défaut, LaTeX utilise les règles typographiques de l'anglais. Pour utiliser la typographie française, il suffit d'insérer la commande suivante dans l'entête de votre document :

<pre>
\usepackage[french]{babel}
</pre>

== Particularités liées aux mémoires, thèses et examens ==

L'Université exige une certaine uniformité dans la présentation des mémoires et des thèses. Le [http://www.fesp.umontreal.ca/fileadmin/Documents/Cheminement/GuidePresentationMemoiresTheses.pdf Guide de présentation des mémoires et des thèses] explique les particularités liées à la mise en page des ouvrages tandis que le site des bibliothèques offre une [http://www.bib.umontreal.ca/theses/default.htm section] entièrement dédiée à la remise électronique de ces documents (dépôt final) sur [https://papyrus.bib.umontreal.ca/ Papyrus].

=== Gabarits du DMS ===

==== Mémoires, thèses et travaux ====

LaTeX permet l'utilisation d'un gabarit (''template'' en anglais) que l'on retrouve sous la forme d'un fichier d'extension ''.cls''.

Le Département met à la disposition des étudiants un [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/gabaritFrancais.tar.gz gabarit en francais] ou [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/gabaritAnglais.tar.gz en anglais] permettant de faciliter la rédaction des travaux soumis pour l'obtention d'un grade. La classe ''dms.cls'' du dossier compressé prends en charge la mise en page à l'aide de variables spécialement conçues pour ce genre de document. Pour modifier ces variables, il suffit de modifier le fichier ''GabaritDMS.tex''. Il est à noter qu'il incombe à l'étudiant de s'assurer que son travail respecte les normes imposées par le [http://www.fesp.umontreal.ca/fileadmin/Documents/Cheminement/GuidePresentationMemoiresTheses.pdf Guide de présentation des mémoires et des thèses] de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, que ce soit pour la rédaction d'un rapport de stage, d'un mémoire ou d'une thèse.

Comme la rédaction d'un premier ouvrage LaTeX d'envergure peut être un défi, le Département offre aussi un [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/gabaritFrancais.tar.gz exemple en francais] ou [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/gabaritAnglais.tar.gz en anglais] de document utilisant cette classe. Le fichier ''.tex'' comprend plusieurs exemples élémentaires : une énumération avec et une autre sans numérotation, des équations mathématiques numérotées ou non, une définition, un théorème et une démonstration, un tableau simple, une bibliographie générée par BibTeX, des images insérées côtes-à-côtes et, finalement, l'incorporation d'hyperliens dans le fichier de sortie (''.pdf'').

==== Examens ====

Le Département met à la disposition des professeurs et chargés de cours un [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/LaTeX/Gabarit/examenDMS.zip gabarit] permettant de faciliter la rédaction des examens pour les cours donnés au DMS. La classe ''examenDMS.cls'' du dossier compressé prends en charge la mise en page à l'aide de variables spécialement conçues pour ce genre de document. Pour modifier ces variables, il suffit de modifier le fichier ''DMS0000.tex''. Vous pourrez, par exemple, modifier le nombre de pages allouées par question ainsi qu'ajouter des directives spécifiques à votre examen.

=== Encapsulation des fontes ===

L'encapsulation des fontes d'un document assure qu'il sera affiché tel quel, peu importe la plate-forme du lecteur. Encapsuler les fontes signifie simplement de joindre toutes les [http://fr.wikipedia.org/wiki/Fonte_de_caract%C3%A8res fontes] aux documents. Ainsi, la plate-forme ne choisira pas arbitrairement une nouvelle fonte pour afficher les caractères et le document sera présenté comme l'a prévu l'auteur.

Pour les dépôts électroniques d'un mémoire ou d'une thèse sur [https://papyrus.bib.umontreal.ca/ Papyrus], il est nécessaire que toutes les fontes soient encapsulées dans le fichier ''pdf''.

Sur un environnement Linux, il est possible de vérifier si les fontes sont encapsulées à l'aide de la commande <code>pdffonts</code>. Pour ce faire, il suffit de taper :

<pre>
pdffonts fichier.pdf
</pre>

Plusieurs renseignements sont alors affichés. Si la colonne nommée ''emb'' (pour ''embedded'') ne contient que des ''yes'', alors toutes les fontes sont encapsulées.

Si ce n'est pas le cas, il est possible d'utiliser la commande [[La_commande_ps2pdf#Convertir_et_encapsuler_les_fontes|<code>ps2pdf</code>]] afin de forcer l'encapsulation.
Par exemple, il suffit généralement d'utiliser la commande suivante :
<pre>
ps2pdf -dPDFSETTINGS=/prepress -dEPSCrop fichier.pdf
</pre>

Si cela ne s’avère pas suffisant, vous pouvez essayer de convertir le ''pdf'' en ''postscript'' (''ps'') :
<pre>
pdftops fichier.pdf
</pre>
puis de le reconvertir en ''pdf'' à l'aide des options suivantes :
<pre>
ps2pdf -dSAFER -dNOPLATFONTS -sPAPERSIZE=letter -dEmbedAllFonts=true -dPDFSETTINGS=/prepress fichier.ps fichier.pdf
</pre>
Ceci contourne le problème que [[Kile|Kile]] n'encapsule pas les polices de bases ''times'' et ''helvetica'' souvent contenues dans les graphiques générés par [[MATLAB|Matlab]].
Noter qu'il est possible de changer le type de fonte utilisée par Matlab.

Si le problème persiste le plus simples reste de supprimer l'utilisation des fontes de types 3, qui peuvent êtres incluses via une image
ou bien dans certains ''package'' fournissant des fontes, tel que ''bbm''.

=== Concaténer plusieurs documents ===

Au moment du dépôt final, vous aurez peut-être plusieurs documents que vous devrez fusionner en un seul afin de satisfaire aux exigences du dépôt électronique. La [[La_commande_gs|commande <code>gs</code>]] vous permettra de concaténer vos documents.

== Voir aussi ==

=== Séminaires LaTeX ===

L'équipe informatique offre, selon les besoins, des séminaires LaTeX pour introduire les notions de base du langage. Les fichiers suivants sont présentés pendant le séminaire :
* [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/LaTeX-1.zip LaTeX-1]
* [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/LaTeX-2.zip LaTeX-2] et ses [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/LaTeX-2-Diapositives.pdf diapositives]

=== Guides et outils de référence ===

* [http://ctan.cms.math.ca/tex-archive/info/examples/mil/mil.pdf ''Math into LaTeX''] — Introduction rapide avec un accent mis sur AMS-LaTeX
* [ftp://ftp.ams.org/pub/tex/doc/amsmath/short-math-guide.pdf ''Short Math Guide for LaTeX''] — Guide concis sur l'écriture mathématique en LaTeX (rédigé par l'AMS)
* [http://www.grappa.univ-lille3.fr/FAQ-LaTeX ''FAQ LaTeX''] — Questions et réponses sur LaTeX
* [http://mirror.ctan.org/info/symbols/comprehensive/symbols-letter.pdf ''The Comprehensive LaTeX Symbol List''] — Liste très étendue de caractères spéciaux disponibles sous LaTeX
* [http://tug.ctan.org/tex-archive/info/epslatex/english/epslatex.pdf ''Using Imported Graphics in LaTeX and pdfLaTeX''] — Excellent document à consulter pour tout connaître sur l'inclusion d'images sous LaTeX
* [http://en.wikipedia.org/wiki/BibTeX ''BibTeX'' sur ''Wikipédia''] — Guide pour comprendre comment créer et utiliser une base de donnée BibTeX
* [http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/beamer/doc/beameruserguide.pdf ''The Beamer Class''] — Guide de l'utilisateur de la classe ''Beamer'' vous permettant de créer des présentations (diaporamas) avec LaTeX
* [http://detexify.kirelabs.org/classify.html ''Detexify''] — Dessinez le symbole dans un encadré et obtenez la commande LaTeX correspondante.

=== Distributions et éditeurs ===

* [http://www.tug.org/texlive/ Site officiel de TeX Live]
* [http://fr.wikipedia.org/wiki/TeX_Live TeX Live] sur Wikipedia
* [http://miktex.org/ Site officiel de MikTeX]
* [http://fr.wikipedia.org/wiki/MiKTeX MikTeX] sur Wikipedia
* [http://www.tug.org/mactex/ Site officiel de MacTeX]
* [http://fr.wikipedia.org/wiki/MacTeX MacTeX] sur Wikipedia

=== Articles connexes ===

* [[logiciels|Logiciels au DMS]]
* [[Kile|Kile]]
* [[Beamer]]

=== Références externes ===
* [http://www.xm1math.net/doculatex/install_miktex.html Guide d'installation] détaillé de Miktex
* [http://www.latex-project.org/ Site officiel de LaTeX]
* [http://fr.wikipedia.org/wiki/LaTeX LaTeX] sur Wikipédia
* [http://tug.org/ TUG] (TeX Users Group)
* [http://www.ctan.org/ CTAN] (Comprehensive TeX Archive Network)

LaTeX

2017-02-13T19:47:03Z

Fardel : /* Mémoires, thèses et travaux */

[[Catégorie:Logiciels]]

[[Image:LaTeX_Logo.png|thumb]]

'''LaTeX''' désigne à la fois un langage de balisage et un logiciel de composition de documents qui est largement employé par la communauté scientifique. Ce logiciel exige de la part de l'auteur de se concentrer sur la structure et le contenu de son texte, puisqu'il prend en charge la plupart des aspects de la mise en page. En conséquence, il facilite la rédaction d'ouvrages d'envergure tels que les mémoires et les thèses. De plus, il gère particulièrement bien les symboles et les équations mathématiques.

Au DMS, les mémoires et les thèses des étudiants doivent être rédigés avec LaTeX selon les normes de la Faculté des études supérieures et postdoctorales. Plus de renseignements à ce sujet se trouvent à la section [[LaTeX#Gabarit_du_DMS|Gabarit]].

__TOC__

== Fonctionnement général ==

=== Le langage ===

[[Image:TeX_Live_Logo.png|thumb|TeX Live est la distribution de LaTeX installée au Département]]

Le logiciel LaTeX est en fait un langage de programmation au même titre que le langage C ou le langage HTML. À l'instar du langage HTML pour les sites web, le langage LaTeX permet de coder la [http://fr.wikipedia.org/wiki/Mise_en_page mise en page] pour des documents. Le principe est de [http://fr.wikipedia.org/wiki/S%C3%A9paration_du_fond_et_de_la_forme séparer le fond de la forme], afin que l'auteur puisse mettre son énergie à rédiger le contenu sans être distrait par l'apparence de son document. En écrivant en langage LaTeX, l'utilisateur doit donc définir sémantiquement le contenu de son document plutôt que visuellement. Par exemple, si l'on veut écrire un titre à l'aide de MS Word, il faut augmenter la taille de la police de caractère et centrer le texte afin d'inscrire son titre. Avec LaTeX, il faut plutôt user de la balise <code>title</code> tel quel dans le fichier.

Pour rédiger un document avec LaTeX, il faut donc écrire un fichier qui servira de source pour réaliser un document bien mis en page. Typiquement, la source consistera en un dossier qui contiendra un ou plusieurs fichiers portant l'extension <code>.tex</code>, auxquels on ajoutera optionnellement des images ou d'autres fichiers nécessaires à la réalisation d'une bibliographie. Dans ces fichiers, le contenu du document sera entrecoupé de balises servant à spécifier les caractéristiques de mise en page de l'ouvrage et de mise en forme du texte.

Par exemple, dans le fichier source on pourra écrire :
<pre>
\emph{ceci sera affiché en italique dans une thèse.}
</pre>
La balise <code>emph</code>, qui tient lieu pour ''emphasize'' en anglais, sert à accentuer un segment de texte dans un document. Ainsi, dans un livre ou un article, le texte sera affiché en italique. Par contre, dans une [[Beamer|présentation]] par diapositives, la même commande produira un texte coloré en rouge. Avec des commandes plus avancées, il est même possible de redéfinir le résultat que produira cette commande pour l'adapter à aux besoins et aux goûts de l'auteur.

=== Avantages ===

Une fois que la source est écrite et correctement codée, une étape de compilation permet de produire un document fini. Ce processus en deux étapes permet plusieurs fonctionnalités qui avantage LaTeX vis-à-vis des autres logiciels de traitement de texte. Deux principales qualités seraient la gestion automatique du référencement et une typographie de grande qualité.

La gestion automatique du référencement permet de gérer autant les différentes parties d'un ouvrage que les citations, les notes de bas de page ou la création d'un index. En ayant accès à la totalité du contenu à produire, LaTeX peut analyser la source et produire dans un style uniforme tout le document avec une page titre, une table des matières, une bibliographie, un index, etc. sans que l'auteur ne doivent recopier lui-même l'information pour obtenir ces pages. Par exemple, une simple utilisation de la balise <code>\chapter</code> produira un document où les chapitres se trouveront toujours sur une page impaire et où la table des matières sera ajustée pour inclure tous les chapitres. Cette pratique évite de produire de fausses références ou d'y ajouter de la redondance en plus d'assurer un style uniforme. Ce dernier point prend toute sa valeur pour l'écriture d'un ouvrage par plusieurs auteurs. Pensons, entres autres, à l'écriture d'un article scientifique ou simplement à un travail d'équipe.

D'un autre côté, les documents produits avec LaTeX respectent un usage professionnel des règles de typographie. En effet, pour produire une typographie convenable, il ne suffit pas d'aligner des caractères les uns après les autres, il faut aussi respecter le contexte où les caractères se trouvent. Deux excellents exemples seraient que LaTeX gère correctement la [http://fr.wikipedia.org/wiki/C%C3%A9sure_%28typographie%29 césure] ou [http://fr.wikipedia.org/wiki/Veuves_et_orphelines les lignes veuves et les orphelines], mais pour le cas qui nous intéresse, c'est l'édition des équations et des symboles mathématiques qui illustre le mieux la typographie avancée de LaTeX. En effet, dans LaTeX, les symboles d'adaptent à leur contexte pour produire des équations agréables et ordonnées. C'est cet aspect qui explique l'excellente réputation de LaTeX dans le milieu scientifique.

=== Distributions et éditeurs ===

[[Image:Kile_Logo.png|thumb|Kile est l'éditeur par défaut au Département]]

LaTeX est un logiciel libre auquel l'utilisateur doit ajouter des extensions selon ses besoins. Pour faciliter l'installation du logiciel, il est possible de télécharger des distributions de LaTeX qui comprennent le compilateur ainsi que plusieurs extensions qui forment un tout cohérent et complet. Une des distributions les plus populaires pour l'environnement Linux est [http://www.tug.org/texlive/ TeX Live] et c'est cette distribution qui est utilisée au Département. [http://www.miktex.org/ MiKTex] et [http://www.tug.org/mactex/ MacTex], qui sont disponibles respectivement pour l'environnement Windows et Mac OS X, sont aussi très populaires.

Comme le fichier source peut parfois être difficile à rédiger, il est recommandé d'utiliser un éditeur de texte compatible avec LaTeX. En effet, un bon éditeur pourra vérifier certaines erreurs de programmation courantes, offira la coloration syntaxique, analysera le fichier source pour y naviguer facilement, etc. Au Département, [[Kile|Kile]] est l'éditeur par défaut. On retrouve aussi l'extension très complète [http://www.gnu.org/software/auctex/ AUCTeX], qui est disponible avec Emacs, et Gedit qui offre la coloration syntaxique.

== Pour débuter avec LaTeX ==

=== Apprendre le langage ===

Afin de pouvoir exploiter le potentiel de LaTeX, l'utilisateur doit connaître un minimum de commandes du langage. Voici donc quelques liens utiles pour apprendre les bases et commencer à rédiger :

* [http://mirror.ctan.org/info/lshort/english/lshort.pdf ''The Not So Short Introduction to LaTeX 2ε''];
* [http://mirror.ctan.org/info/simplified-latex/simplified-intro.pdf ''A Simplified Introduction to LateX''];
* les pages de [http://fr.wikibooks.org/wiki/LaTeX LaTeX en français] et de [http://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX LaTeX en anglais] sur Wikibooks;
* la [http://www.ctan.org/starter.html page d'introduction] de CTAN (Comprehensive TeX Archive Network).

=== Utiliser LaTeX chez soi ===

Pour rédiger des documents à l'aide de LaTeX chez soi, il est important d'installer une distribution et un éditeur. Heureusement, plusieurs sont disponibles gratuitement en ligne. Notamment, une [http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_TeX_editors comparaison des différents éditeurs LaTeX] est disponible sur Wikipédia.

Pour l'environnement Windows, la distribution [http://miktex.org/download MiKTex] et l'éditeur [http://www.xm1math.net/texmaker/download_fr.html Texmaker] sont performants et simples d'utilisation. il suffit de cliquer sur les liens pour télécharger leur dernière version, et ce gratuitement. Voici un cour guide pour installer MiKTex :

{| class="wikitable"
|- valign="top"
|width=300px| [[Image:Miktex-Installation-1.png|center|300px]] 1. Acceptez les conditions. Ensuite, appuyez sur ''Next''.
|width=300px| [[Image:Miktex-Installation-2.png|center|300px]] 2. Choisissez de partager l'installation de MiKTex avec les autres usagers, ou la restreindre à celui de la session en cours. Ensuite, appuyez sur ''Next''.
|width=300px| [[Image:Miktex-Installation-3.png|center|300px]] 3. Choisissez le répertoire dans lequel MiKTex sera installé, ou garder celui par défaut. Ensuite, appuyez sur ''Next''.
|- valign="top"
|width=300px| [[Image:Miktex-installation-4.png|center|300px]] 4. Vérifiez que le format papier est bien ''Lettre'' puis choisissez comment vous désirez gèrer les extensions. Ensuite, appuyez sur ''Next''.
|width=300px| [[Image:Miktex-Installation-5.png|center|300px]] 5. Appuyez sur ''Next''.
|width=300px| [[Image:Miktex-Installation-6.png|center|300px]] 6. Une fois l'installation terminée, appuyez sur ''Next''.
|}
Pour une démarche plus détaillée, voici une brève [http://www.youtube.com/watch?v=ZWxZYXfaDXE&feature=youtu.be capsule vidéo] contenant toutes les étapes pour télécharger et installer ces deux logiciels.


=== Exemple minimal ===

Pour débuter rapidement, voici un exemple rudimentaire de code LaTeX qui affiche "Hello World!" suivi d'une formule mathématique et d'une image :

<pre>
\documentclass[11pt]{article} % Règle le type de document à "article" et la taille de la police à 11 pt.

\usepackage[utf8]{inputenc} % Indique à LaTeX que l'encodage du fichier source est UTF-8.
\usepackage[T1]{fontenc} % Assure un enregistrement adéquat des accents dans le fichier compilé.
\usepackage{lmodern} % Charge la fonte vectorielle "Latin Modern", une version de la fonte
% par défaut "Computer Modern", qui supporte les caractères latins.

\usepackage[french]{babel} % "babel", avec l'option "french", pour utiliser la typographie française.
\usepackage{graphicx} % Pour inclure des images dans le document.

\begin{document} % Début du document.

Hello World!

Quelques accents : à, é, ô, ï. % Les accents devraient s'afficher correctement.

$$ % Le code compris entre $$ permet de produire des équations mathématiques
\sum_{n=1}^\infty\frac{1}{n^2}=\frac{\pi^2}{6} % qui ne sont pas numérotées. Pour des équations numérotées, utilisez
$$ % \begin{equation} et \end{equation}.

\begin{figure}[h] % Notons l'option h (pour "here") qui demande que l'image se retrouve dans
% le document au même endroit où elle se trouve dans le fichier source.
\begin{center} % L'image sera centrée sur la page et
\includegraphics[width=0.75\textwidth]{image.png} % elle doit occuper 75 % de la largeur de la zone de texte.
\caption{Une image.} % Le texte "Une image." sera affiché en légende.
\label{fig:image} % Pour faire référence à cette figure dans le document, il suffit d'entrer
\end{center} % "\ref{fig:image}", ce qui affichera le numéro de la figure.

\end{figure}

\end{document} % Fin du document.
</pre>

Voici la marche à suivre pour produire le document formaté avec [[Kile|Kile]] :

# Créer un nouveau fichier avec Kile et y copier le code ci-dessus avant de l'enregistrer.
# Télécharger l'image [http://www.dms.umontreal.ca/wiki/images/3/34/Image.png ''image.png''] et la placer dans le même répertoire que le fichier ''.tex''.
# Dans Kile, compiler votre fichier en cliquant sur ''LaTeX'' ou ''PDFLaTeX'' en haut à droite. La procédure est imagée sur la page de [[Kile|Kile]].
# Pour voir le résultat, cliquer sur ''ViewDVI'' ou ''ViewPDF''. Le document produit devrait être identique à [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/LaTeX/exemple.pdf celui-ci].

=== Un exemple plus avancé ===

LaTeX permet de se concentrer sur le contenu en gérant lui-même le style. Par contre pour des besoins particuliers, il est quand même nécessaire de détailler à l'aide de quelques commandes le style du document que l'on désire créer. L'élaboration d'un style peut parfois prendre quelques temps, surtout la première fois. Pour accélérer le processus, voici un exemple de style simple que l'on peut modifier facilement et qui est destiné à produire des devoirs.

<pre>
\documentclass[11pt]{article}

\usepackage[french]{babel} % "babel", avec l'option "french", pour utiliser la typographie française.
\usepackage[utf8]{inputenc} % Indique à LaTeX que l'encodage du fichier source est UTF-8.

\usepackage{arev} % Pour utiliser la police de caractères Arev.
\usepackage[T1]{fontenc} % On utilise la norme T1 pour l'encodage de la fonte.

\usepackage[margin=2cm, vmargin=2.5cm]{geometry} % Les marges seront de 2 cm, les marges verticales de 2.5 cm.

\usepackage{fancyhdr} % Cette extension permet de créer rapidement des entêtes personnalisées.
\fancyhf{} % D'abord, il faut supprimer le style utilisé pas défaut.
\fancyhead[L]{Géométrie arithmétique} % À gauche (option L), on écrit le nom du cours : Géométrie arithmétique.
\fancyhead[R]{Pierre Desrochers} % À droite (option R), on écrit notre nom : Pierre Desrochers.
\fancyfoot[C]{\thepage} % En pied de page, on insère le numéro de page au centre (option C).
\renewcommand\headrulewidth{0pt} % Par défaut, une ligne est utilisé en entête. Or on la supprime ici.
\pagestyle{fancy} % On utilisera le sytle fancy que l'on vient juste de redéfinir.

\newcommand{\exercice}[2]{ % Une macro à 2 arguments pour écrire les exercices rapidement.
\noindent\underline{\large {#1}} % Sans indentation, on souligne le numéro de la question (#1).
\medskip % Un espage moyen entre le numéro de la question et la question.
\par{#2}\bigskip % On mets la question (#2) dans un paragraphe suivi d'un espace vertical.
}

\begin{document} % Début du document

\begin{center} % On centre le titre
{\LARGE Devoir 5} % qui sera affiché très gros (plus gros que \large).
\end{center}
\bigskip

\exercice{Exercice 1}{Soit $f:A \rightarrow B$ une fonction qui présente
certaines propriétés. Démontrez qu'elle en possède d'autres.}

J'écris ici ma démonstration.

\end{document} % Fin du document
</pre>

[[Image:exemple-devoir.png|thumb|Le résultat du code ci-haut.]]

Voici la marche à suivre pour produire le document formaté avec [[Kile|Kile]] :

# Créer un nouveau fichier avec Kile et y copier le code ci-dessus avant de l'enregistrer.
# Dans Kile, compiler votre fichier en cliquant sur ''PDFLaTeX'' en haut à droite. La procédure est imagée sur la page de [[Kile|Kile]].
# Pour voir le résultat, cliquer sur ''ViewPDF''.

=== Un conseil pour les images ===

Bien que LaTeX permet d'insérer des images sous plusieurs formats, un certain type d'image est à privilégier pour produire des documents plus portables. Il s'agit des [http://fr.wikipedia.org/wiki/Image_vectorielle images vectorielles]. Par opposition aux images matricielles que l'on utilisent habituellement, les images vectorielles ne représentent pas une image comme un tableau de points nommés pixels. Elles enregistrent plutôt l'information géométrique d'une image et calcul une nouvelle disposition des pixels à chaque affichage. En conséquence, elles ne sont aucunement affectées par une mise à l'échelle.

Généralement, les images vectorielles se présentent sous le format <code>.pdf</code> ou <code>.eps</code>. Elles sont particulièrement bien adaptées pour produire des diagrammes et des schémas, car ces images sont souvent composés de structures simples. Au département, il est possible de produire des images vectorielles à l'aide de [[Inkscape]] et de [[GIMP]].

=== Quelques extensions courantes ===

Presque toutes les extensions de LaTeX se trouvent sur [http://www.ctan.org/ CTAN] (The Comprehensive TeX Archive Network). On y trouve beaucoup d'extensions courantes avec leur documentation. En cas de doute, la recherche de la fonctionnalité désirée dans un moteur de recherche permet généralement d'identifier rapidement l'extension qui offre cette fonctionnalité.

Pour utiliser une extension, il est nécessaire de la charger au moment de la compilation du fichier source. Pour ce faire, il suffit d'utiliser la balise <code>usepackage</code>. Par exemple, la ligne suivante, insérée dans le préambule du fichier, chargera l'extension [http://www.ams.org/publications/authors/tex/amslatex amsmath].

<pre>
\usepackage{amsmath}
</pre>

Voici aussi une brève liste d'extensions pertinentes :

* Mise en forme
** [ftp://ftp.ams.org/pub/tex/doc/amsmath/amsldoc.pdf ''amsmath''] pour écrire selon les normes de l'AMS;
** [http://www.tug.org/applications/hyperref/ftp/doc/manual.pdf ''hyperref''] permet l'ajout d'hyperliens dans le document de sortie (PDF ou EPS);
** [http://mirror.its.dal.ca/ctan/macros/latex/contrib/natbib/natbib.pdf ''natbib''] assure que les citations apparaissent au format ''auteur-année'' et offre plus de contrôle sur les listes de références avec BibTeX;
* Diagrammes commutatifs
** [http://www.jmilne.org/not/Mamscd.pdf ''amscd''] est simple, mais minimal;
** [http://www.paultaylor.eu/diagrams/ ''diagrams''] offre plusieurs fonctionnalités;
** [http://mirror.hmc.edu/ctan/graphics/pgf/contrib/tikz-cd/tikz-cd-doc.pdf ''tikz-cd''] est une extension très complète;
* Images
** [ftp://ftp.tex.ac.uk/tex-archive/macros/latex/contrib/oberdiek/epstopdf.pdf ''epstopdf''] permet l'inclusion d'images EPS avec ''pdfLaTeX'';
** [http://tug.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/floatflt/floatflt.pdf ''floatflt''] pour insérer des images entourées de texte;
** [ftp://ctan.cms.math.ca/graphics/pstricks/base/doc/pstricks-doc.pdf ''PSTricks''] permet de concevoir des images vectorielles de grande qualité, d'y incorporer du texte et des équations directement dans votre code;
** [ftp://ctan.tug.org/tex-archive/macros/latex/contrib/subfig/subfig.pdf ''Subfig''] offre plus de possibilités pour l'affichage d'images;
* Insertion de code
** [http://mirror.csclub.uwaterloo.ca/CTAN/macros/latex/contrib/sagetex/sagetexpackage.pdf ''SageTeX''] permet d'employer, dans vos documents LaTeX, du code [[Sage|Sage]];
** [http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/required/tools/verbatim.pdf ''verbatim''] permet d'écrire textuellement, sans que les commandes LaTeX ne soient pris en compte.

=== Faire une bibliographie ===

Il est possible de créer une brève bibliographie à la fin de n'importe quel document LaTeX à l'aide de l'environnement <code>thebibliography</code>. Par contre, si l'on cite souvent les mêmes sources pour différents documents, il peut être avantageux d'utiliser une fonctionnalité de LaTeX qui gère les bibliographies. Cette fonctionnalité, nommé [http://en.wikipedia.org/wiki/BibTeX BibTeX], permet de se créer un banque de sources dans un fichier portant l'extension ''.bib''. De cette façon, on évite de recopier la source à chaque document que l'on écrit. Il suffit de mettre une copie du fichier ''.bib'' dans le même répertoire que le document ''.tex'' et toutes les sources peuvent être référencées. Un exemple de document dont la bibliographie est générée par BibTeX est disponible à la section [[LaTeX#Gabarit_du_DMS|Gabarit]].

BibTeX permet également de modifier rapidement le style de la bibliographie à l'aide de la commande <code>bibliographystyle{</code>''fichier de style à utiliser''<code>}</code>. Voici quelques fichiers de style propices aux bibliographies françaises que vous pouvez utiliser :

* [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/BibTeX/plain-fr.bst plain-fr]
* [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/BibTeX/alpha-fr.bst alpha-fr]

* [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/BibTeX/stat-fr.bst stat-fr]

=== Obtenir de l'aide ===

Comme pour la plupart des logiciels libres, Internet abonde de ressources pour vous aider dans vos projets. Par conséquent, la meilleure ressource consiste en un bon moteur de recherche en ligne. Pour les problèmes mineurs, c'est la façon la plus rapide de trouver la solution à son problème. Sinon, quelques forums tels que [http://tex.stackexchange.com TeX Stack Exchange] permettent de poser des questions techniques.

Au Département, il est aussi possible d'obtenir de l'aide auprès de l'équipe informatique. Veuillez consulter la page [[Qui_contacter?|Qui contacter?]] pour savoir à qui vous adresser.

== Particularités liées au français ==

=== Encodage ===

==== Le fichier source ====

Pour que LaTeX interprète correctement les accents et les caractères inexistants dans l'alphabet anglais, il est nécessaire d'utiliser l'extension ''inputenc'' et d'y spécifier l'encodage du fichier source. L'[http://fr.wikipedia.org/wiki/Codage_de_caract%C3%A8res encodage] des caractères d'un fichier permet de faire le lien entre le code binaire et les caractères de l'alphabet lors de la lecture du document par l'ordinateur. Par exemple, la commande ci-bas, qui doit être insérée dans l'entête du fichier (c'est-à-dire avant <code>\begin{document}</code>), signifie que le fichier source est écrit selon l'encodage UTF-8, ce qui permet au logiciel d'associer le bon caractère à une suite binaire.

<pre>
\usepackage[utf8]{inputenc}
</pre>

Le type d'encodage par défaut dépend du système d'exploitation utilisé. Cependant, rien n'empêche l'utilisateur de choisir un autre encodage pour ses fichiers. Le tableau suivant indique les encodages les plus couramment employés par les systèmes d'exploitation, ainsi que l'option de l'extension ''inputenc'' à utiliser.

{| class="wikitable" style="text-align:center"
! Système !! Nom de l'option !! Type d'encodage
|-
| Windows
| ansinew || Windows-1252 ou CP-1252
|-
| Linux
| latin1 || ISO-8859-1
|-
|
| utf8 || UTF-8
|-
| Mac OS
| applemac || Apple MacIntosh
|}

Pour plus de détails concernant l'encodage ainsi que sur l'écriture en langues différentes de l'anglais, consultez la page sur l'[http://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX/Internationalization internationalisation] de Wikibooks à ce sujet.

==== Le document fini ====

Contrairement au fichier source, le document fini n'est pas un fichier de texte pure. L'encodage du document fini n'est donc pas le lien entre une suite binaire et un caractère. Il s'agit plutôt d'un lien entre une suite binaire et l'image d'un caractère dans une [http://fr.wikipedia.org/wiki/Fonte_de_caract%C3%A8res fonte]. Il s'agit d'une différence subtile, mais qui augmente grandement les possibilités d'affichage. Par exemple, c'est ce qui permet d'afficher des lettres en italiques ou en gras.

En particulier, pour les documents finis en français, il est recommandé d'utiliser l'encodage <code>T1</code> en ajoutant la commande suivante en entête.

<pre>
\usepackage[T1]{fontenc}
</pre>

Cet encodage assure que les lettres accentuées seront encodées en un seul symbole plutôt que deux (le caractère et son accent). En particulier, ceci assure que les copier-coller effectués sur le document fini géreront bien les accents.

=== Règles de typographie française ===

LaTeX est un logiciel de traitement de texte qui prend en charge la presque totalité des règles de typographie contemporaines. Lors de l'écriture d'un document, il est important de spécifier au logiciel d'utiliser les règles de typographie de la langue de rédaction, car elles diffèrent selon la langue. Par défaut, LaTeX utilise les règles typographiques de l'anglais. Pour utiliser la typographie française, il suffit d'insérer la commande suivante dans l'entête de votre document :

<pre>
\usepackage[french]{babel}
</pre>

== Particularités liées aux mémoires, thèses et examens ==

L'Université exige une certaine uniformité dans la présentation des mémoires et des thèses. Le [http://www.fesp.umontreal.ca/fileadmin/Documents/Cheminement/GuidePresentationMemoiresTheses.pdf Guide de présentation des mémoires et des thèses] explique les particularités liées à la mise en page des ouvrages tandis que le site des bibliothèques offre une [http://www.bib.umontreal.ca/theses/default.htm section] entièrement dédiée à la remise électronique de ces documents (dépôt final) sur [https://papyrus.bib.umontreal.ca/ Papyrus].

=== Gabarits du DMS ===

==== Mémoires, thèses et travaux ====

LaTeX permet l'utilisation d'un gabarit (''template'' en anglais) que l'on retrouve sous la forme d'un fichier d'extension ''.cls''.

Le Département met à la disposition des étudiants un [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/GabaritDMS.zip gabarit] permettant de faciliter la rédaction des travaux soumis pour l'obtention d'un grade. La classe ''dms.cls'' du dossier compressé prends en charge la mise en page à l'aide de variables spécialement conçues pour ce genre de document. Pour modifier ces variables, il suffit de modifier le fichier ''GabaritDMS.tex''. Il est à noter qu'il incombe à l'étudiant de s'assurer que son travail respecte les normes imposées par le [http://www.fesp.umontreal.ca/fileadmin/Documents/Cheminement/GuidePresentationMemoiresTheses.pdf Guide de présentation des mémoires et des thèses] de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, que ce soit pour la rédaction d'un rapport de stage, d'un mémoire ou d'une thèse.

Comme la rédaction d'un premier ouvrage LaTeX d'envergure peut être un défi, le Département offre aussi un [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/GabaritDMSExample.zip exemple] de document utilisant cette classe. Le fichier ''.tex'' comprend plusieurs exemples élémentaires : une énumération avec et une autre sans numérotation, des équations mathématiques numérotées ou non, une définition, un théorème et une démonstration, un tableau simple, une bibliographie générée par BibTeX, des images insérées côtes-à-côtes et, finalement, l'incorporation d'hyperliens dans le fichier de sortie (''.pdf'').

==== Examens ====

Le Département met à la disposition des professeurs et chargés de cours un [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/LaTeX/Gabarit/examenDMS.zip gabarit] permettant de faciliter la rédaction des examens pour les cours donnés au DMS. La classe ''examenDMS.cls'' du dossier compressé prends en charge la mise en page à l'aide de variables spécialement conçues pour ce genre de document. Pour modifier ces variables, il suffit de modifier le fichier ''DMS0000.tex''. Vous pourrez, par exemple, modifier le nombre de pages allouées par question ainsi qu'ajouter des directives spécifiques à votre examen.

=== Encapsulation des fontes ===

L'encapsulation des fontes d'un document assure qu'il sera affiché tel quel, peu importe la plate-forme du lecteur. Encapsuler les fontes signifie simplement de joindre toutes les [http://fr.wikipedia.org/wiki/Fonte_de_caract%C3%A8res fontes] aux documents. Ainsi, la plate-forme ne choisira pas arbitrairement une nouvelle fonte pour afficher les caractères et le document sera présenté comme l'a prévu l'auteur.

Pour les dépôts électroniques d'un mémoire ou d'une thèse sur [https://papyrus.bib.umontreal.ca/ Papyrus], il est nécessaire que toutes les fontes soient encapsulées dans le fichier ''pdf''.

Sur un environnement Linux, il est possible de vérifier si les fontes sont encapsulées à l'aide de la commande <code>pdffonts</code>. Pour ce faire, il suffit de taper :

<pre>
pdffonts fichier.pdf
</pre>

Plusieurs renseignements sont alors affichés. Si la colonne nommée ''emb'' (pour ''embedded'') ne contient que des ''yes'', alors toutes les fontes sont encapsulées.

Si ce n'est pas le cas, il est possible d'utiliser la commande [[La_commande_ps2pdf#Convertir_et_encapsuler_les_fontes|<code>ps2pdf</code>]] afin de forcer l'encapsulation.
Par exemple, il suffit généralement d'utiliser la commande suivante :
<pre>
ps2pdf -dPDFSETTINGS=/prepress -dEPSCrop fichier.pdf
</pre>

Si cela ne s’avère pas suffisant, vous pouvez essayer de convertir le ''pdf'' en ''postscript'' (''ps'') :
<pre>
pdftops fichier.pdf
</pre>
puis de le reconvertir en ''pdf'' à l'aide des options suivantes :
<pre>
ps2pdf -dSAFER -dNOPLATFONTS -sPAPERSIZE=letter -dEmbedAllFonts=true -dPDFSETTINGS=/prepress fichier.ps fichier.pdf
</pre>
Ceci contourne le problème que [[Kile|Kile]] n'encapsule pas les polices de bases ''times'' et ''helvetica'' souvent contenues dans les graphiques générés par [[MATLAB|Matlab]].
Noter qu'il est possible de changer le type de fonte utilisée par Matlab.

Si le problème persiste le plus simples reste de supprimer l'utilisation des fontes de types 3, qui peuvent êtres incluses via une image
ou bien dans certains ''package'' fournissant des fontes, tel que ''bbm''.

=== Concaténer plusieurs documents ===

Au moment du dépôt final, vous aurez peut-être plusieurs documents que vous devrez fusionner en un seul afin de satisfaire aux exigences du dépôt électronique. La [[La_commande_gs|commande <code>gs</code>]] vous permettra de concaténer vos documents.

== Voir aussi ==

=== Séminaires LaTeX ===

L'équipe informatique offre, selon les besoins, des séminaires LaTeX pour introduire les notions de base du langage. Les fichiers suivants sont présentés pendant le séminaire :
* [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/LaTeX-1.zip LaTeX-1]
* [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/LaTeX-2.zip LaTeX-2] et ses [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/LaTeX-2-Diapositives.pdf diapositives]

=== Guides et outils de référence ===

* [http://ctan.cms.math.ca/tex-archive/info/examples/mil/mil.pdf ''Math into LaTeX''] — Introduction rapide avec un accent mis sur AMS-LaTeX
* [ftp://ftp.ams.org/pub/tex/doc/amsmath/short-math-guide.pdf ''Short Math Guide for LaTeX''] — Guide concis sur l'écriture mathématique en LaTeX (rédigé par l'AMS)
* [http://www.grappa.univ-lille3.fr/FAQ-LaTeX ''FAQ LaTeX''] — Questions et réponses sur LaTeX
* [http://mirror.ctan.org/info/symbols/comprehensive/symbols-letter.pdf ''The Comprehensive LaTeX Symbol List''] — Liste très étendue de caractères spéciaux disponibles sous LaTeX
* [http://tug.ctan.org/tex-archive/info/epslatex/english/epslatex.pdf ''Using Imported Graphics in LaTeX and pdfLaTeX''] — Excellent document à consulter pour tout connaître sur l'inclusion d'images sous LaTeX
* [http://en.wikipedia.org/wiki/BibTeX ''BibTeX'' sur ''Wikipédia''] — Guide pour comprendre comment créer et utiliser une base de donnée BibTeX
* [http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/beamer/doc/beameruserguide.pdf ''The Beamer Class''] — Guide de l'utilisateur de la classe ''Beamer'' vous permettant de créer des présentations (diaporamas) avec LaTeX
* [http://detexify.kirelabs.org/classify.html ''Detexify''] — Dessinez le symbole dans un encadré et obtenez la commande LaTeX correspondante.

=== Distributions et éditeurs ===

* [http://www.tug.org/texlive/ Site officiel de TeX Live]
* [http://fr.wikipedia.org/wiki/TeX_Live TeX Live] sur Wikipedia
* [http://miktex.org/ Site officiel de MikTeX]
* [http://fr.wikipedia.org/wiki/MiKTeX MikTeX] sur Wikipedia
* [http://www.tug.org/mactex/ Site officiel de MacTeX]
* [http://fr.wikipedia.org/wiki/MacTeX MacTeX] sur Wikipedia

=== Articles connexes ===

* [[logiciels|Logiciels au DMS]]
* [[Kile|Kile]]
* [[Beamer]]

=== Références externes ===
* [http://www.xm1math.net/doculatex/install_miktex.html Guide d'installation] détaillé de Miktex
* [http://www.latex-project.org/ Site officiel de LaTeX]
* [http://fr.wikipedia.org/wiki/LaTeX LaTeX] sur Wikipédia
* [http://tug.org/ TUG] (TeX Users Group)
* [http://www.ctan.org/ CTAN] (Comprehensive TeX Archive Network)

LaTeX

2017-02-13T19:14:06Z

Fardel : /* Mémoires, thèses et travaux */

Knitr

2017-02-02T19:48:20Z

Fardel : /* Voir aussi */

[[Catégorie:Logiciels]]

[[Image:R_Logo.png|thumb|Knitr est une extension du logiciel [[R]].]]

'''Knitr''' est une extension (''package'' en anglais) du logiciel [[R]] qui permet l'inclusion de code R dans plusieurs types de documents, en particulier dans les documents [[LaTeX]]. Ainsi, les résultats obtenus grâce à R, comme les tableaux et les graphiques, apparaîtront tels quels dans le fichier source compilé (<tt>.pdf</tt> par exemple).



Knitr offre plus de fonctionnalités que la fonction [http://www.stat.uni-muenchen.de/~leisch/Sweave/ Sweave] de R et propose un environnement de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Programmation_lettr%C3%A9e programmation lettrée].

__TOC__



== Fonctionnement ==

L'idée derrière knitr est d'écrire un document LaTeX ordinaire mais, plutôt que d'inclure des tableaux ou des graphiques générés préalablement, on écrit directement le code R qui les génère. De cette façon, les documents sont dynamiques et s'adaptent automatiquement si l'on change les échantillons ou l'analyse.

Un des avantages d'utiliser knitr est bien évidemment d'éviter d'avoir à retaper un document LaTeX en cas de changements ou d'erreur. Mais aussi, cela facilite la reproduction des résultats par d'autres utilisateurs. C'est donc un bon outil pour les publications scientifiques.

Une syntaxe particulière est requise pour la rédaction du document et il faut compiler le document source au moins deux fois : une fois avec knitr (dans R) suivi d'au moins une fois avec LaTeX. Un [https://bitbucket.org/stat/knitr/downloads/knitr-manual.pdf manuel d'utilisation] explique en détails la syntaxe à employer, mais voici brièvement quelques indications :

* Le document est construit en fragments qui sont composés de texte ou bien de code.
* Les fragments de texte commencent par un <code>@</code> suivi d'un saut de ligne. Par défaut, le premier fragment est toujours un fragment de texte.
* Les fragments de code commencent par <code><<''paramètres''>>=</code> suivi d'un saut de ligne. Les [http://yihui.name/knitr/options#chunk_options paramètres] déterminent les options d'affichage.
* Le fichier source porte généralement l'extension ''.Rnw''.

Une [http://yihui.name/knitr/demos liste d'exemples] est disponible en ligne. Pour compiler un exemple, il faut importer la librairie puis appeler la fonction <code>knit</code> avec le fichier en argument dans un session R :

<pre>
require(knitr)
knit("fichier.Rnw")
</pre>
La ligne précédente produira un fichier <tt>.tex</tt> qu'il suffira ensuite de compiler à l'aide de [[LaTeX]] selon la procédure habituelle.

'''Note :''' Le fichier <tt>.tex</tt> sera produit dans le répertoire de travail de R. Ce répertoire est disponible à l'aide de la commande <code>getwd()</code>. Pour que le fichier soit produit dans un autre répertoire, il suffit d'ajouter le paramètre <code>output="''répertoire''"</code> à la fonction <tt>knit</tt>.

== Exemple ==

Pour mettre en évidence la syntaxe détaillée plus haut, voici un court exemple produisant un [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/Knitr/Exemple.pdf document] avec du code R et un graphique. Le code et le document qu'il produit est disponible sous la forme d'un [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/Knitr/Knitr.zip dossier compressé].

<pre>
\documentclass[11pt]{article}

\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage[french]{babel}

\begin{document}

En théorie des probabilités, le théorème de Donsker établit la convergence en loi
d'une marche aléatoire vers un mouvement brownien standard. Le code ci-bas génère
une marche aléatoire avec des pas gaussiens standards.

\begin{center}

<<Mouvement-Brownien, echo=TRUE, fig.width=4, fig.height=4, out.width='.8\\linewidth'>>=
set.seed(123)
x = cumsum(rnorm(100))
plot(x, type = 'l', xlab = 'Temps', ylab = 'Position')
@

\end{center}

\end{document}
</pre>

Les divers [http://yihui.name/knitr/options#chunk_options paramètres] présents dans la balise d'ouverture du fragment de code indiquent respectivement que : ce fragment est nommé ''Mouvement-Brownien'', le code doit être inséré dans le document final (<code>echo</code>), le graphique généré doit mesurer 4 pouces par 4 pouces (<code>fig.width</code> et <code>fig.height</code>) et le graphique doit être inséré dans le document avec une mise à l'échelle à 80 % de la longueur d'une ligne (<code>out.width</code>).

Cet exemple démontre également comment il est possible de mélanger le code LaTeX et la syntaxe de knitr. En effet, notons que le fragment de code est situé dans un environnement <code>center</code> qui assure que le graphique sera centré dans le document final. Le même résultat aurait pu être obtenu à l'aide du paramètre <code>fig.align</code> de knitr.

== Voir aussi ==

=== Présentation ===

* [http://www.dms.umontreal.ca/downloads/Knitr.tar.gz Présentation Knitr]

=== Articles connexes ===

* [[LaTeX]]
* [[R]]

=== Références ===

* [http://yihui.name/knitr/ Site officiel]
* [http://en.wikipedia.org/wiki/Knitr Knitr sur Wikipédia]
* [https://github.com/yihui/knitr Knitr sur GitHub]
* [https://bitbucket.org/stat/knitr/downloads/knitr-manual.pdf Manuel d'instructions]

R

2017-02-02T19:44:46Z

Fardel : /* Guide */

[[Catégorie:Logiciels]]

[[Image:R_Logo.png|thumb]]

'''R''' est un langage de programmation et un environnement mathématique issu d'un projet GNU (similaire à S). R est employé pour le traitement de données et l'analyse statistique et dispose également de nombreuses fonctions graphiques.

'''Note :''' Pour les étudiants du premier cycle possédant un [[compte MAS]], une version [[RStudio Web|en ligne]] de R est disponible.

__TOC__

== Guide ==
[[Introduction_to_R|Introduction to R (anglais)]]

[[Writing_R_Extensions|Writing R Extensions (anglais)]]

[http://www.dms.umontreal.ca/downloads/IntroductionR.tar.gz Introduction à R]

=== Démarrage de R ===

* Pour lancer R en ligne de [[Commandes_élémentaires|commandes]], entrez
<pre>
R
</pre>
dans un terminal de commandes.

* Pour lancer R avec l'interface graphique, entrez plutôt ce qui suit :
<pre>
xR
</pre>

=== Démarrer une [[Simulations|simulation]] en arrière-plan ===
{|
|rowspan="1"|[[Image:Attention.png|40px]]
|
Avant d'entreprendre des simulations numériques sur les machines du Département, vous êtes encouragé à consulter la page [[Simulations|Simulations]], en particulier la section traitant des [[Simulations#Consignes_à_respecter|consignes à respecter]].
|}

Pour démarrer le script <tt>prog.R</tt> en arrière-plan (''batch''), entrez
<pre>
R CMD BATCH prog.R &
</pre>
dans un terminal de commandes.

==== Exemple ====

Dans le script qui suit, deux matrices 3x3 de nombres aléatoires sont additionnées et le résultat est enregistré, avec la fonction <tt>write</tt>, dans le fichier <tt>data.csv</tt> du compte de l'usager :
<pre>
set.seed(123) # La graine du générateur de nombres aléatoires est fixée à "123".

A <- matrix(data = runif(9), nrow = 3, ncol = 3)
B <- matrix(data = runif(9), nrow = 3, ncol = 3)

# Ci-dessous, le résultat de "A+B" est enregistré en 3 colonnes, le fichier "data.csv" est écrasé s'il existe déjà
# (append=FALSE) et les colonnes sont séparées par un "Tab" ("\t").

write(A+B, file="~/data.csv", 3, append=FALSE, "\t")
</pre>

Pour démarrer ce script, appelé <tt>exemple.R</tt>, il suffit d'entrer la commande
<pre>
R CMD BATCH exemple.R &
</pre>
Voici le résultat enregistré dans <tt>data.csv</tt> :
<pre>
0.7441923 1.745138 0.8623111
1.560588 1.513101 0.1484812
1.42793 1.138507 0.5934945
</pre>
'''N.B. :''' Pour obtenir des résultats ''différents'', il ne faut pas oublier d'utiliser des graines ''différentes'' pour le générateur de nombres aléatoires.

=== Calculs en parallèle – [[Snow|<tt>snow</tt>]] ===
Lorsque vos calculs s'y prêtent (opérations sur matrices et vecteurs, boucle avec itérations indépendantes, etc.), l'exécution de votre script en parallèle peut être très avantageuse.

Le logiciel R comprend un ''package'', appelé [[Snow|<tt>snow</tt>]], qui permet de paralléliser aisément les calculs. Consultez la page [[Snow|dédiée]] pour plus d'informations.

=== Installation d'extensions ===
Les paquetages d'extension, ou ''add-on packages'', sur CRAN se forme de fichiers tar gzip nommés pkg_version.tar.gz, qui peuvent en fait être des «paquets» (bundles en anglais) contenant plus d'un paquet. Pourvu que tar et gzip sont disponibles sur votre système, tapez
<pre>
R CMD INSTALL /path/to/pkg_version.tar.gz
</pre>

Pour installer à un autre arbre (par exemple, votre bien-privé), utilisez
<pre>
R CMD INSTALL -l lib /path/to/pkg_version.tar.gz
</pre>

où <tt>lib</tt> donne le chemin de l'arbre de bibliothèque pour l'installation.

Encore plus pratique, vous pouvez installer et mettre à jour automatiquement les paquets «packages» à partir de R si vous avez accès à des référentiels tels que le CRAN. Voir la page d'aide pour available.packages () pour plus d'informations.

Vous pouvez utiliser des arbres de la bibliothèque de plusieurs paquets d'extension «add-on packages». La meilleure façon de dire à R d'utiliser les paquets d'extension «add-on packages» c'est via les variables d'environnement R_LIBS qui devrait être une liste séparées (par des deux points) des répertoires au cours de laquelle les arbres R de la bibliothèque sont enracinées. Vous n'avez pas à spécifier l'arbre de défaut dans R_LIBS. Par exemple, afin d'utiliser un arbre privé dans $ HOME/lib/R et un site public à l'échelle d'un arbre(public site-wide tree) dans /usr/local/lib/R-contrib, mettez
<pre>
R_LIBS="$HOME/lib/R:/usr/local/lib/R-contrib"; export R_LIBS
</pre>
dans votre (Bourne) profil de shell ou même de préférence, ajoutez la ligne
<pre>
R_LIBS="~/lib/R:/usr/local/lib/R-contrib"
</pre>
votre fichier ~/.Renviron . (Notez qu'aucune déclaration d'exportation est nécessaire ou autorisée dans ce fichier, consultez l'aide en ligne pour le démarrage «Startup» pour plus d'informations.)

=== Utilisation des extensions ===

Afin de savoir quels paquets supplémentaires sont disponibles sur votre système, tapez
<pre>
library()
</pre>
dans R prompt.

Ceci produit quelque chose comme
<pre>
Packages in `/home/me/lib/R':
mystuff My own R functions, nicely packaged but not documented
Packages in `/usr/local/lib/R/library':
KernSmooth Functions for kernel smoothing for Wand & Jones (1995)
MASS Main Package of Venables and Ripley's MASS
base The R Base package
boot Bootstrap R (S-Plus) Functions (Canty)
class Functions for Classification
cluster Functions for clustering (by Rousseeuw et al.)
datasets The R datasets Package
foreign Read data stored by Minitab, S, SAS, SPSS, Stata, ...
grDevices The R Graphics Devices and Support for Colours and Fonts
graphics The R Graphics Package
grid The Grid Graphics Package
lattice Lattice Graphics
methods Formal Methods and Classes
mgcv GAMs with GCV smoothness estimation and GAMMs by REML/PQ
nlme Linear and nonlinear mixed effects models
nnet Feed-forward Neural Networks and Multinomial Log-Linear Models
rpart Recursive partitioning
spatial Functions for Kriging and Point Pattern Analysis
splines Regression Spline Functions and Classes
stats The R Stats Package
stats4 Statistical functions using S4 classes
survival Survival analysis, including penalised likelihood
tcltk Tcl/Tk Interface
tools Tools for Package Development
utils The R Utils Package
</pre>
Vous pouvez «loader/charger» le paquet installé pkg par
<pre>
library(pkg)
</pre>
Vous pouvez ensuite déterminer les fonctions qu'il offre en tapant l'une des
<pre>
library(help = pkg)
help(package = pkg)
</pre>
Vous pouvez «unloader/décharger» le paquet pkg «loadé/chargé» par
<pre>
detach("package:pkg")
</pre>

=== Désinstallation des extensions ===

utilisez
<pre>
R CMD REMOVE pkg_1 ... pkg_n
</pre>
pour supprimer les paquets <tt>pkg_1</tt>, ..., <tt>pkg_n</tt> de la bibliothèque de l'arbre enracinés dans le premier répertoire donné dans R_LIBS si ce paramètre est réglé et non nulles, et à partir de la bibliothèque par défaut autrement. (Les versions de R avant 1.3.0 sont retirés de la bibliothèque par défaut, par défaut.)

Pour retirer de la bibliothèque lib, faites
<pre>
R CMD REMOVE -l lib pkg_1 ... pkg_n
</pre>

=== Nettoyage de l'espace de travail ===
Pour supprimer tous les objets dans l'environnement actif (en général. GlobalEnv), vous pouvez faire
<pre>
rm(list = ls(all = TRUE))
</pre>
(Without all = TRUE, seuls les objets dont le nom ne commence pas par un `.' sont retirés.)

=== Génération de graphiques PNG en arrière-plan ===

Sous Unix, le dispositif png() utilise le driver X11, qui est un problème en mode batch ou pour la commande et l'opération à distance. Si vous avez Ghostscript vous pouvez utiliser bitmap(), qui produit un fichier PostScript, puis le convertit en un format bitmap en charge(supporté) par Ghostscript. Sur certaines installations ceci produit des sorties laides, sur d'autres, il est tout à fait satisfaisante. En théorie, on pourrait aussi utiliser Xvfb de X.Org, qui est un serveur X11 qui ne nécessite pas un écran, et le paquet de GDD de CRAN, qui produit PNG, JPEG et GIF bitmaps sans X11.

=== Fortran ===

Le logiciel R intègre l'utilisation de fichiers sources Fortran ( .f ). Ainsi, avec le fichier source Fortran "fichier.f" :

* Compiler le fichier puis, dans un terminal, tapez: <tt>R CMD SHLIB fichier.f</tt>.
* Ceci devrait créer dans votre répertoire deux fichiers: <tt>fichier.so</tt> et <tt>fichier.o</tt>.
* Pour charger le fichier sous R, tapez (dans R): <tt>dyn.load("fichier.so")</tt>.
* Pour les débutants, un exemple fait par Jennifer Poulin: le fichier source <tt>transpose.f</tt> et le fichier de commandes sous R <tt>transpose.txt</tt>.

<pre>
******7**10********20********30********40********50********60********7072
** Fichier "transpose.f" par Jennifer Poulin.
** Sous-routine calculant la transposée de A:
**
** A: MxN
** B = t(A): N:M
SUBROUTINE TRANSPOSE(A,B,m,n)
INTEGER i,j,m,n
DOUBLE PRECISION A(m,n), B(n,m)
DO i=1, n
DO j=1, m
B(i,j) = A(j,i)
ENDDO
ENDDO
RETURN
END
</pre>
<pre>
** Exemple simple pour calculer la transposée d'une matrice sous R en utilisant le fichier source Fortran
** "transpose.f" (par Jennifer Poulin):
y <- matrix(1:30, nrow=3)
dyn.load("transpose.so")
transpo2 <- function(A){
n <- nrow(A)
m <- ncol(A)
B <- matrix(0,nrow=m,ncol=n)
storage.mode(B) <- "double"
resultat <- .Fortran("transpose",
as.double(A),
B=B,
as.integer(n),
as.integer(m))
B <- resultat[["B"]]
B
}
</pre>
<pre>
> y
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
[1,] 1 4 7 10 13 16 19 22 25 28
[2,] 2 5 8 11 14 17 20 23 26 29
[3,] 3 6 9 12 15 18 21 24 27 30

> transpo2(y)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 2 3
[2,] 4 5 6
[3,] 7 8 9
[4,] 10 11 12
[5,] 13 14 15
[6,] 16 17 18
[7,] 19 20 21
[8,] 22 23 24
[9,] 25 26 27
[10,] 28 29 30
</pre>

== Voir aussi ==

=== Bibliographie ===

* J. Adler, ''R in a Nutshell: A Desktop Quick Reference'', O'Reilly, Sebastopol, CA 95472, 2010.

=== Articles connexes ===
* [[Introduction_to_R|Introduction to R (anglais)]]
* [[Snow|Calculs en parallèle – <tt>snow</tt>]]
* [[Knitr]]
* [[Simulations|Simulations numériques]]
* [[logiciels|Logiciels au DMS]]
* [[S-PLUS|S-PLUS]]
* [[SAS|SAS]]
* [[SPSS|SPSS]]
* [[stata|Stata]]
* [[RStudio Web|RStudio Web]]

=== Références externes ===
* [http://www.r-project.org/ Site officiel de R]
* [http://fr.wikipedia.org/wiki/R_%28logiciel%29 R sur Wikipédia]

R

2017-02-02T19:44:25Z

Fardel : /* Guide */

[[Catégorie:Logiciels]]

[[Image:R_Logo.png|thumb]]

'''R''' est un langage de programmation et un environnement mathématique issu d'un projet GNU (similaire à S). R est employé pour le traitement de données et l'analyse statistique et dispose également de nombreuses fonctions graphiques.

'''Note :''' Pour les étudiants du premier cycle possédant un [[compte MAS]], une version [[RStudio Web|en ligne]] de R est disponible.

__TOC__

== Guide ==
[[Introduction_to_R|Introduction to R (anglais)]]

[[Writing_R_Extensions|Writing R Extensions (anglais)]]

[http://www.dms.umontreal.ca/downloads/IntroductionR..tar.gz Introduction à R]

=== Démarrage de R ===

* Pour lancer R en ligne de [[Commandes_élémentaires|commandes]], entrez
<pre>
R
</pre>
dans un terminal de commandes.

* Pour lancer R avec l'interface graphique, entrez plutôt ce qui suit :
<pre>
xR
</pre>

=== Démarrer une [[Simulations|simulation]] en arrière-plan ===
{|
|rowspan="1"|[[Image:Attention.png|40px]]
|
Avant d'entreprendre des simulations numériques sur les machines du Département, vous êtes encouragé à consulter la page [[Simulations|Simulations]], en particulier la section traitant des [[Simulations#Consignes_à_respecter|consignes à respecter]].
|}

Pour démarrer le script <tt>prog.R</tt> en arrière-plan (''batch''), entrez
<pre>
R CMD BATCH prog.R &
</pre>
dans un terminal de commandes.

==== Exemple ====

Dans le script qui suit, deux matrices 3x3 de nombres aléatoires sont additionnées et le résultat est enregistré, avec la fonction <tt>write</tt>, dans le fichier <tt>data.csv</tt> du compte de l'usager :
<pre>
set.seed(123) # La graine du générateur de nombres aléatoires est fixée à "123".

A <- matrix(data = runif(9), nrow = 3, ncol = 3)
B <- matrix(data = runif(9), nrow = 3, ncol = 3)

# Ci-dessous, le résultat de "A+B" est enregistré en 3 colonnes, le fichier "data.csv" est écrasé s'il existe déjà
# (append=FALSE) et les colonnes sont séparées par un "Tab" ("\t").

write(A+B, file="~/data.csv", 3, append=FALSE, "\t")
</pre>

Pour démarrer ce script, appelé <tt>exemple.R</tt>, il suffit d'entrer la commande
<pre>
R CMD BATCH exemple.R &
</pre>
Voici le résultat enregistré dans <tt>data.csv</tt> :
<pre>
0.7441923 1.745138 0.8623111
1.560588 1.513101 0.1484812
1.42793 1.138507 0.5934945
</pre>
'''N.B. :''' Pour obtenir des résultats ''différents'', il ne faut pas oublier d'utiliser des graines ''différentes'' pour le générateur de nombres aléatoires.

=== Calculs en parallèle – [[Snow|<tt>snow</tt>]] ===
Lorsque vos calculs s'y prêtent (opérations sur matrices et vecteurs, boucle avec itérations indépendantes, etc.), l'exécution de votre script en parallèle peut être très avantageuse.

Le logiciel R comprend un ''package'', appelé [[Snow|<tt>snow</tt>]], qui permet de paralléliser aisément les calculs. Consultez la page [[Snow|dédiée]] pour plus d'informations.

=== Installation d'extensions ===
Les paquetages d'extension, ou ''add-on packages'', sur CRAN se forme de fichiers tar gzip nommés pkg_version.tar.gz, qui peuvent en fait être des «paquets» (bundles en anglais) contenant plus d'un paquet. Pourvu que tar et gzip sont disponibles sur votre système, tapez
<pre>
R CMD INSTALL /path/to/pkg_version.tar.gz
</pre>

Pour installer à un autre arbre (par exemple, votre bien-privé), utilisez
<pre>
R CMD INSTALL -l lib /path/to/pkg_version.tar.gz
</pre>

où <tt>lib</tt> donne le chemin de l'arbre de bibliothèque pour l'installation.

Encore plus pratique, vous pouvez installer et mettre à jour automatiquement les paquets «packages» à partir de R si vous avez accès à des référentiels tels que le CRAN. Voir la page d'aide pour available.packages () pour plus d'informations.

Vous pouvez utiliser des arbres de la bibliothèque de plusieurs paquets d'extension «add-on packages». La meilleure façon de dire à R d'utiliser les paquets d'extension «add-on packages» c'est via les variables d'environnement R_LIBS qui devrait être une liste séparées (par des deux points) des répertoires au cours de laquelle les arbres R de la bibliothèque sont enracinées. Vous n'avez pas à spécifier l'arbre de défaut dans R_LIBS. Par exemple, afin d'utiliser un arbre privé dans $ HOME/lib/R et un site public à l'échelle d'un arbre(public site-wide tree) dans /usr/local/lib/R-contrib, mettez
<pre>
R_LIBS="$HOME/lib/R:/usr/local/lib/R-contrib"; export R_LIBS
</pre>
dans votre (Bourne) profil de shell ou même de préférence, ajoutez la ligne
<pre>
R_LIBS="~/lib/R:/usr/local/lib/R-contrib"
</pre>
votre fichier ~/.Renviron . (Notez qu'aucune déclaration d'exportation est nécessaire ou autorisée dans ce fichier, consultez l'aide en ligne pour le démarrage «Startup» pour plus d'informations.)

=== Utilisation des extensions ===

Afin de savoir quels paquets supplémentaires sont disponibles sur votre système, tapez
<pre>
library()
</pre>
dans R prompt.

Ceci produit quelque chose comme
<pre>
Packages in `/home/me/lib/R':
mystuff My own R functions, nicely packaged but not documented
Packages in `/usr/local/lib/R/library':
KernSmooth Functions for kernel smoothing for Wand & Jones (1995)
MASS Main Package of Venables and Ripley's MASS
base The R Base package
boot Bootstrap R (S-Plus) Functions (Canty)
class Functions for Classification
cluster Functions for clustering (by Rousseeuw et al.)
datasets The R datasets Package
foreign Read data stored by Minitab, S, SAS, SPSS, Stata, ...
grDevices The R Graphics Devices and Support for Colours and Fonts
graphics The R Graphics Package
grid The Grid Graphics Package
lattice Lattice Graphics
methods Formal Methods and Classes
mgcv GAMs with GCV smoothness estimation and GAMMs by REML/PQ
nlme Linear and nonlinear mixed effects models
nnet Feed-forward Neural Networks and Multinomial Log-Linear Models
rpart Recursive partitioning
spatial Functions for Kriging and Point Pattern Analysis
splines Regression Spline Functions and Classes
stats The R Stats Package
stats4 Statistical functions using S4 classes
survival Survival analysis, including penalised likelihood
tcltk Tcl/Tk Interface
tools Tools for Package Development
utils The R Utils Package
</pre>
Vous pouvez «loader/charger» le paquet installé pkg par
<pre>
library(pkg)
</pre>
Vous pouvez ensuite déterminer les fonctions qu'il offre en tapant l'une des
<pre>
library(help = pkg)
help(package = pkg)
</pre>
Vous pouvez «unloader/décharger» le paquet pkg «loadé/chargé» par
<pre>
detach("package:pkg")
</pre>

=== Désinstallation des extensions ===

utilisez
<pre>
R CMD REMOVE pkg_1 ... pkg_n
</pre>
pour supprimer les paquets <tt>pkg_1</tt>, ..., <tt>pkg_n</tt> de la bibliothèque de l'arbre enracinés dans le premier répertoire donné dans R_LIBS si ce paramètre est réglé et non nulles, et à partir de la bibliothèque par défaut autrement. (Les versions de R avant 1.3.0 sont retirés de la bibliothèque par défaut, par défaut.)

Pour retirer de la bibliothèque lib, faites
<pre>
R CMD REMOVE -l lib pkg_1 ... pkg_n
</pre>

=== Nettoyage de l'espace de travail ===
Pour supprimer tous les objets dans l'environnement actif (en général. GlobalEnv), vous pouvez faire
<pre>
rm(list = ls(all = TRUE))
</pre>
(Without all = TRUE, seuls les objets dont le nom ne commence pas par un `.' sont retirés.)

=== Génération de graphiques PNG en arrière-plan ===

Sous Unix, le dispositif png() utilise le driver X11, qui est un problème en mode batch ou pour la commande et l'opération à distance. Si vous avez Ghostscript vous pouvez utiliser bitmap(), qui produit un fichier PostScript, puis le convertit en un format bitmap en charge(supporté) par Ghostscript. Sur certaines installations ceci produit des sorties laides, sur d'autres, il est tout à fait satisfaisante. En théorie, on pourrait aussi utiliser Xvfb de X.Org, qui est un serveur X11 qui ne nécessite pas un écran, et le paquet de GDD de CRAN, qui produit PNG, JPEG et GIF bitmaps sans X11.

=== Fortran ===

Le logiciel R intègre l'utilisation de fichiers sources Fortran ( .f ). Ainsi, avec le fichier source Fortran "fichier.f" :

* Compiler le fichier puis, dans un terminal, tapez: <tt>R CMD SHLIB fichier.f</tt>.
* Ceci devrait créer dans votre répertoire deux fichiers: <tt>fichier.so</tt> et <tt>fichier.o</tt>.
* Pour charger le fichier sous R, tapez (dans R): <tt>dyn.load("fichier.so")</tt>.
* Pour les débutants, un exemple fait par Jennifer Poulin: le fichier source <tt>transpose.f</tt> et le fichier de commandes sous R <tt>transpose.txt</tt>.

<pre>
******7**10********20********30********40********50********60********7072
** Fichier "transpose.f" par Jennifer Poulin.
** Sous-routine calculant la transposée de A:
**
** A: MxN
** B = t(A): N:M
SUBROUTINE TRANSPOSE(A,B,m,n)
INTEGER i,j,m,n
DOUBLE PRECISION A(m,n), B(n,m)
DO i=1, n
DO j=1, m
B(i,j) = A(j,i)
ENDDO
ENDDO
RETURN
END
</pre>
<pre>
** Exemple simple pour calculer la transposée d'une matrice sous R en utilisant le fichier source Fortran
** "transpose.f" (par Jennifer Poulin):
y <- matrix(1:30, nrow=3)
dyn.load("transpose.so")
transpo2 <- function(A){
n <- nrow(A)
m <- ncol(A)
B <- matrix(0,nrow=m,ncol=n)
storage.mode(B) <- "double"
resultat <- .Fortran("transpose",
as.double(A),
B=B,
as.integer(n),
as.integer(m))
B <- resultat[["B"]]
B
}
</pre>
<pre>
> y
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9] [,10]
[1,] 1 4 7 10 13 16 19 22 25 28
[2,] 2 5 8 11 14 17 20 23 26 29
[3,] 3 6 9 12 15 18 21 24 27 30

> transpo2(y)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 2 3
[2,] 4 5 6
[3,] 7 8 9
[4,] 10 11 12
[5,] 13 14 15
[6,] 16 17 18
[7,] 19 20 21
[8,] 22 23 24
[9,] 25 26 27
[10,] 28 29 30
</pre>

== Voir aussi ==

=== Bibliographie ===

* J. Adler, ''R in a Nutshell: A Desktop Quick Reference'', O'Reilly, Sebastopol, CA 95472, 2010.

=== Articles connexes ===
* [[Introduction_to_R|Introduction to R (anglais)]]
* [[Snow|Calculs en parallèle – <tt>snow</tt>]]
* [[Knitr]]
* [[Simulations|Simulations numériques]]
* [[logiciels|Logiciels au DMS]]
* [[S-PLUS|S-PLUS]]
* [[SAS|SAS]]
* [[SPSS|SPSS]]
* [[stata|Stata]]
* [[RStudio Web|RStudio Web]]

=== Références externes ===
* [http://www.r-project.org/ Site officiel de R]
* [http://fr.wikipedia.org/wiki/R_%28logiciel%29 R sur Wikipédia]

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